南开大学的艾滋病研究起始于上世纪九十年代初。近二十年来，在病毒基因组结构与功能、基因表达调控机制、超感染机理、病毒与宿主相互作用、抗AIDS药物筛选、嵌合病毒疫苗、HIV耐药机制等方面取得系列研究成果，在HIV和相关慢病毒分子生物学研究领域逐步形成了南开的优势和特色。2006年，饶子和院士的结构生物学研究团队加盟南开，使得南开的蛋白质结构、抗病毒药物等研究挤身国际水平。2008年南开大学艾滋病研究中心正式成立。
南开大学艾滋病研究中心以生命科学学院、医学院、泰达生物技术学院、药学院、化学学院、数学学院、周恩来政府管理学院等学院的有关病毒学、免疫学、细胞生物学、结构生物学、药学、应用数学、社会心理学等研究力量为基础，强强联合，优势互补，组成了一支综合性、多学科从事艾滋病防控研究的高水平研究团队。中心充分利用我校生物安全三级实验室、微生物功能基因组学、蛋白质组学实验室、结构生物学实验室等公共研究平台，具备一流的实验条件和设备。同时，中心与中国CDC性病艾滋病预防控制中心密切合作，在实验样本、研究现场、信息收集等方面资源共享。中心主要PI包括中科院院士、长江学者、国家杰出青年基金获得者在内的优秀学术带头人和一大批中青年学术骨干。南开大学艾滋病研究中心是我国HIV基础病毒学研究领域的一支重要力量。
目前中心主要研究方向涉及艾滋病的致病机制、免疫保护、抗病毒药物、艾滋病疫苗、流行病学、感染人群的社会干预等。同时，中心与多个国外实验室建立了稳定的学术交流合作关系，分子病毒学实验室是NIH John E．Fogarty健康科学高等研究国际中心（FIC）艾滋病国际培训和研究项目（AIDS International Training and Research Program， AITRP）在中国的联络单位之一。
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