交通运输学院下设运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、城市轨道交通系以及系统工程与控制研究所、系统科学研究所、智能系统与安全技术研究中心等。在提升学术实力，发挥“产学研”合作优势中，学院通过积极努力先后组建了：北京交通大学综合交通研究中心、北京交通大学铁路危险货物运输研究实验室。同时为教学科研服务的国家级教学示范中心建成并投入使用。作为学校重点教学科研试验基地“轨道交通控制与安全”国家级重点实验室的主要团队均为学院的骨干力量，“城市交通复杂系统理论与技术”教育部重点实验室建成并投入使用；另外学院还设有交通运输智能技术与系统实验室、电子商务实验室等教学科研实践基地。
目前学院在聘教职员工为144人：有“国家杰出青年基金获得者”1人，“长江学者”特聘教授2人，“长江学者”讲座教授1人，海外高层次人才计划专家1人，顾问教授1人；教授42人。学院有博士生导师40人，非博导教授7人；副高职称55人；讲师或中级职称人员61人，其中管理岗位7人。全院有博士学位的教师占教师总数的65．0%。
2010年学院的科研工作继续保持着良好的发展势头，全面完成了“十一五”规划的各项目标，取得了较好地成绩。2010年新增科研项目285项，合同经费6778．2万元；发表期刊论文208篇，会议论文160篇，出版科技著作7部，发表三大检索论文144篇；获专利9项，其中技术发明2项，实用新型7项，学院获得软件著作权40项。
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