历史沿革：筹建于1958年10月，1959年8月正式成立，时称中国科学院上海理化研究所，2003年6月经国家批准定为现名。拥有两大园区，分别坐落于上海市科技卫星城嘉定区和浦东张江高科技园区，占地面积共约700亩。我所是专业从事民用核技术科学研究的国立研究所，以光子科学、核科学技术及相关交叉学科研究为主，同时积极推进科研成果产业化。发展目标是：用15年左右时间，建设成国际一流水平的光子科学研究中心和基于核科学技术的多学科综合性科学研究基地。
学科方向：
- 加速器科学和技术
- 先进光子科学
- 核物理与民用非动力核技术
- 前沿交叉学科
机构设置：分为研究部门、支撑部门、管理部门三大类。上海应用物理所是国家重大科学工程——上海光源（SSRF）工程的承建单位和运行单位，建有“中国科学院核分析技术重点实验室”、“上海市低温超导高频腔技术重点实验室”。
人员状况：截至2008年底，全所在职职工共750人，其中科技人员499人，中国科学院院士1人，研究员77人。设有粒子物理与原子核物理、核技术及应用、无机化学3个博士学位培养点，粒子物理与原子核物理、核技术及应用、无机化学、光学工程、电磁场与微波技术、信号与信息处理、生物物理学7个硕士学位培养点，物理学、核技术及应用2个博士后流动站。在学研究生345人，其中博士生155人；在站博士后12人。
在研（建）重大项目：上海光源（SSRF）国家重大科学工程，国家973项目“基于超导加速器SASE自由电子激光的关键物理及技术问题研究”、“人工纳米生物机器构筑与生物医学应用的基础研究”，国家发展改革委民用非动力核技术高技术产业化专项“辐射改性功能型高分子新材料高技术产业化示范工程”、“辐射加工用新型电子加速器系列产业化示范工程”，中科院创新重大项目“核技术应用的关键技术”等。
突出成果：建所以来共取得科研成果600余项，成功研制出我国第一台自行设计建造的1.2米回旋加速器，后改建为1.4米等时性回旋加速器并在其上完成新核素Pt-202的合成与鉴别，实现了我国在新核素合成领域零的突破；研制成功世界上第一台超灵敏小型回旋加速器质谱仪；研制生产出我国第一个载入国家药典的放射性药物。由该所承建的上海光源是一台高性能的中能第三代同步辐射光源，由中国科学院与上海市政府共同向国家建议和建设，于2004年底开工，按期于2009年4月竣工。获各类科技奖项164项，其中国家科技进步奖5项、国家自然科学奖4项；“重离子核反应的集体效应、奇异核产生及其性质研究”、“重质量丰中子新核素的合成鉴别和研究”获国家自然科学二等奖。
交流与合作：上海应用物理所坚持开展多层次全方位的国际交流与合作，与国际上多家著名同步辐射（光子科学）建立了双边合作关系，如英国DIAMOND，瑞士PSI，德国BESSY-II、Rossendorf，意大利ELETTRA、INFN，日本的SPring-8、KEK、JAEA、JSSRR、SSLAC 、韩国PLS、新加坡SSLS、澳大利亚的Aus Synch、美国的BNL、ANL、LBNL、SLAC。此外，该所于2001年作为STAR的正式成员单位，加入美国RHIC的合作组。
学术刊物：主办《核技术》《核科学技术（英文版）》《辐射研究和辐射工艺学报》等学术刊物。上海市核学会、中国核学会辐射研究与辐射工艺学分会挂靠本所。
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