吉林大学在东北亚研究方面具有较长的历史。早在1964年，经国家教育部批准就成立了日本问题研究室和朝鲜问题研究室。20世纪80年代初，又先后成立了日本研究所、人口研究所、苏联研究所、朝鲜研究所四个研究机构。为适应世界经济区域化和集团化发展形势的需要，特别是为东北亚地区国际合作提供理论支持，将原有的以国别研究为主的研究力量组织起来，形成综合研究优势，1988年吉林大学成立了东北亚研究中心，并于1992年又增设了图们江国际开发研究所和综合研究所。从此，吉林大学在东北亚问题的研究上实现了从以往以国别问题为主，向由东北亚研究中心牵头、实行各所松散联合开展综合研究的转变。
1994年4月，吉林大学在原东北亚研究中心的基础上，将日本研究所、人口研究所、俄罗斯研究所、朝鲜韩国研究所、图们江国际开发研究所、综合研究所六个处级建制的研究机构合并，成立了东北亚研究院，从而实现了由过去独立机构松散联合到以研究院为实体紧密结合的研究组织体系的转变。
1997年，由吉林大学东北亚研究院牵头的"东北亚区域经济、历史与社会发展"学科，被国家批准为"211工程"重点学科建设项目。为了进一步改革科研体制，适应深化东北亚问题研究的需要，2001年9月，东北亚研究院将已有的4个以国别研究为主的研究所和综合研究所，进行按学科专业整合，形成了东北亚研究院下设经济研究所，政治研究所，历史与文化研究所，人口、资源与环境研究所和图们江国际开发研究所5个研究所的新组织结构格局。2003年5月，为适应东北亚研究院被批准招收区域经济学专业博士研究生和加强区域经济学学科建设的需要，从经济研究所和人口、资源与环境研究所抽调部分研究力量，重新成立了区域经济研究所。
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