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南开大学积极探索研究生培养新机制，在全国首试研究生培养“双轨制”。自2008级硕士研究生起，以经济学院14个具有博士点的专业为试点，在同一专业内，实行“学术应用型硕士生”与“学术研究型硕士生”分类并行培养。
经济学院2008级的硕士生们在完成第一学年的共同学习后，学生可根据个人能力、兴趣申报分类培养，成为在同一专业下两种教学模式并行培养的“学术应用型硕士生”与“学术研究型硕士生”。“学术应用型硕士生”第二学年将在第一学年理论课程学习的基础上，适当强化应用性课程的学习，达到适应社会对应用型高级专业人才的要求后就业；而“学术研究型硕士生”则在第二学年以硕士生身份与当年录取的博士新生同期学习，该学年结束后如达到要求则正式进入博士学习阶段。
此次经济学院共有约占全部人数1/4的65名硕士生申请“学术研究型硕士生”，他们将参加由学院安排的笔试和面试，进行理论基础知识和研究潜力等方面的考核。而未提交申请及未通过考核的学生则在第二学年成为“学术应用型硕士生”。
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