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南京医科大学基础医学院下设15个系、2个教研室、1个国家级实验教学示范中心（基础医学）。现有1个博士后流动站、1个一级学科博士点、10个二级学科博士点， 3个一级学科硕士点、16个二级学科硕士点；1个国家重点学科、1个国家重点（培育）学科、1个省一级学科国家重点学科培育建设点（基础医学）、1个省一级学科重点学科（基础医学）；1个部重点实验室、1个省部共建重点实验室、5个省重点实验室和工程研究中心，拥有一批国内先进水平的科研基地和实验技术平台。
学院现有教职工296人，其中教师192人，技术人员81人。在192名教师中，有教授43人（包括海外特聘教授9人）、副教授35人，博士生导师39人、硕士生导师23人；115人具有博士学位（59.9%），178人具有研究生学历（92.7%）；100多人次获得国家杰出青年科学基金、国家海外高层次人才引进计划、全国优秀教师、全国优秀教育工作者、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、国家有突出贡献中青年专家等荣誉称号。
学院承担全校各学制、各专业、各层次的基础课、专业基础课和专业课教学工作，开设了101门课程，每年承担近5万学时的教学任务。围绕创建21世纪基础医学课程教学模式，培养高素质医学人才的教学目标，近两年获高校大学生创新训练计划立项项目8项，近5年主持各级教学改革课题12项；发表教学论文71篇；主参编国家规划教材10多部、主参编各类教材或多媒体教学课件近100部；多次获校省级以上教学成果和多媒体教学课件竞赛奖，拥有国家级精品课程3门，省级精品课程、优秀课程6门，省级精品教材3部。2006年，基础医学实验中心被遴选为国家级实验教学示范中心，近3年获省部共建实验室建设经费400多万。2009年，基础医学实验课程群教学团队获得“国家级教学团队”称号。学院设立法医学、生物技术和生物医学工程3个专业并进行招生。学院还承担接受国内外访问学者和培训进修学员的任务，并开设了多种形式的继续教育项目。
近5年来，学院承担国家 “973”、“863”、国家自然科学基金重点项目等国家及省、部级研究课题213项，获经费9453多万元；在国内外期刊上发表论文1100多篇，其中SCI收录335篇；获省部级以上科技进步奖34项；申报国家发明专利15项。
学院先后和美国、英国、德国、法国、奥地利、加拿大、日本、新加坡、香港等国家和地区高等院校、科研院所建立了长期合作关系，为学院的长期发展创造了良好的外部环境。
在2009年全国学位与研究生教育基础医学一级学科博士点评估中，学院综合实力排名第九，其中科学研究排名第四。
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