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一、合肥分院和四个研究所整合为合肥物质科学研究院
为建设国家创新体系，1998年,经党中央、国务院批准，中国科学院实施知识创新工程试点工作。根据中国科学院实施知识创新工程试点工作的总体部署，2000年下半年开始，合肥分院和四个研究所开始酝酿、讨论和制定合肥分院与四个所进行整合，成立中国科学院合肥研究院，整体进入中国科学院“二期创新工程试点”的创新方案。2001年5月11日中国科学院第六次院长办公会议审议并原则通过了这个方案。同年11月中国科学院批准合肥分院及安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所、固体物理研究所开始整合，合并成一个法人单位—-中国科学院合肥研究院（暂用名）。任命了谢纪康为院长、宋兆海为党委书记的合肥研究院领导班子。2001年12月19日，中科院合肥分院召开全体研究员及处以上干部大会，中国科学院人教局原局长余翔林宣布了合肥研究院领导班子成员名单，党组副书记郭传杰作了重要讲话。这标志着中国科学院合肥研究院新领导班子正式成立，各项工作正式启动（合肥智能机械研究所因当时中国科学院意将其作为科学院的改制单位，未同意其整合进入合肥研究院）。
2003年5月8日中央机构编制委员会办公室（中央编办复字[2003]49号）正式批复中国科学院合肥分院、中国科学院安徽光机所、中国科学院等离子体物理所、中国科学院固体物理所合并为中国科学院合肥物质科学研究院。2003年6月17日中国科学院正式行文批准取消中国科学院合肥分院、中国科学院安徽光机所、中国科学院等离子体物理所、中国科学院固体物理所四个法人单位资格，成立一个新的法人代表单位：中国科学院合肥物质科学研究院。2004年4月16日，中国科学院鉴于合肥智能机械研究所的学科方向已按院里的要求进行了调整，遂不再坚持将智能所改制的意见，批准同意智能所取消法人资格，归属合肥物质科学研究院。
中国科学院批准成立合肥物质科学研究院后，研究所成为研究院下属的非法人科研单位，合肥分院正式撤消，相关职能转交合肥物质科学研究院。
二、强磁场科学技术中心成立
2005年12月28日，由合肥物质科学研究院和中国科学技术大学联合共建，挂靠合肥研究院的非法人研究单元“合肥强磁场科学技术研究中心”成立。其主要职能是组织强磁场实验装置项目的建设及强磁场科学技术的研究。中心主任匡光力，副主任高秉钧、张裕恒、孙玉平、刘小宁、李晓光、周江宁。该中心成立后，开展了有关强磁场实验装置的调研、论证和先期预研工作，成功争取了国家“十一五”重大科技基础设施建设项目——稳态强磁场实验装置项目立项，并落户合肥研究院。
在此中心的基础上，2008年4月30日中国科学院批准成立中国科学院强磁场科学中心（非法人研究单元，批准给与120个事业编制，80个创新岗位），依托合肥物质科学研究院管理。2008年5月18日，中国科学院强磁场科学中心所承担的国家“十一五”重大科技基础设施建设项目——“稳态强磁场实验装置开工典礼暨中国科学院强磁场科学中心揭牌仪式”在科学岛举行，这标志着强磁场科学中心正式开工建设。强磁场科学中心的学科定位是：持续发展强磁场技术，建设国际先进的稳态强磁场实验设施，满足我国多学科研究对于强磁场实验条件的需要；开展强磁场条件下物理、化学、生物、材料等多学科领域的前沿探索；开展强磁场条件下新技术研究，促进相关技术的发明和应用。强磁场科学中心目标：面向强磁场科学技术发展的国际前沿，面向国家科学技术发展对强磁场的重大需求，力争经过五年的努力，建成具有国际先进水平的强磁场科学技术研究平台，形成一支精干的强磁场科学技术研究队伍，并拥有一批高水平的强磁场科研用户。力争经过十年的努力，建成国际知名的强磁场研究基地。
三、安徽循环经济技术工程院成立
2006年4月30日，安徽省机构编制委员会办公室皖编办[2006]101号文“关于同意成立安徽循环经济技术工程院的批复”批准成立安徽循环经济技术工程院。安徽循环经济技术工程院是贯彻中国科学院新时期发展战略，结合国家中部崛起战略和建设合肥国家科技创新型试点市的需要，依托中国科学院合肥物质科学研究院的科技资源优势，由中国科学院和安徽省人民政府合作共建的科技类事业单位。由安徽省科技厅和中科院合肥物质科学研究院联合组建，委托合肥研究院管理。成立安徽循环经济技术工程院旨在寻求知识经济与循环经济的发展价值链的有效结合点，探索中央驻皖科研机构和大学促进区域经济发展和科技创新的新途径，把在承担国家科研任务中形成的创新性应用成果和技术进一步加以开发，使之成为在循环经济经济产业链中有应用前景的核心技术，并结合产品的市场定位进行二次开发和集成。通过技术转移形成有核心技术和市场前景的高新技术产品，成为在技术开发前期将人才、技术、资金、市场和政策等各种要素结合的技术创新平台、高新技术产业孵化平台、创新创业人才聚集和培养平台以及安徽省企业的共用研发和实验平台。
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