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港口航道与海岸工程系是1999年成立的一个新系，目前主要是培养本科生、硕士研究生。培养的学生能适应当代社会需要，具备港口工程、航道工程、海岸工程的规划、设计、施工和管理等方面知识，能在交通水利海岸开发等部门从事规划、设计、施工和管理等工作的高级专门人才。
本系以海洋科学、水利工程和船舶与海洋工程为主干学科，依托海洋工程国家重点实验室，使学生受到计算机软件和硬件、运算、实验、综合分析及论文报告等方面的训练。
学生毕业后可到航务、港务管理部门，港口、航道规划、勘测、设计、研究、施工和管理单位，海岸带开发研究机构、海港安全监督部门和高等院校工作。也可从事信息产业、海洋开发事业及相关行业的工作。
系主任：刘桦； 常务副系主任：喻国良
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