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上海交通大学土木工程系初创于 1907 年，曾一度成为我国最好的土木工程学科之一； 1952 年因全国高校院系调整而停办（其教师和在校学生调入同济大学等相关学校）。 1985 年恢复建立土木建筑工程系，并先后开始招收土木工程、建筑学两个专业的本科生。 2003 年 12 月，该系更名为土木工程系，并与新成立的建筑学系等隶属于船舶海洋与建筑工程学院。
上海交通大学土木工程系现有本科专业为土木工程，已连续两次通过国家建设部的专业评估，教学特色是力求培养“复合型”、“宽厚型”和“外向型”人才，在重视基础性知识学习的同时，特别强调外语、计算机应用和经济管理能力的培养。本科毕业生获工科学士学位。
土木工程系已设立的硕士点专业包括岩土工程（081401）、结构工程（081402）、防灾减灾工程及防护工程（081405），其中结构工程专业于 2003 年获得了博士学位授予权。本学科现有科研机构有：岩土力学与工程研究所（葛修润院士任所长），空间结构研究中心（董石麟院士任主任），结构工程研究所（赵金城教授任所长），安全与防灾工程研究所（陈龙珠教授任所长），土木工程与建筑实验中心等。
著名教授有葛修润（院士）、董石麟（院士）、刘西拉等。
系主任：赵金城； 副系主任：王建华、龚景海、沈水龙
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