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化学系设有物理化学、无机化学、分析化学、有机化学、化学生物学和应用化学6个二级学科，均招收博士和硕士研究生。化学一级学科成为首批国家一级重点学科，物理化学、无机化学和分析化学为二级学科国家重点学科，无机化学和分析化学入选上海市重点学科建设计划。 设有上海市分子催化和功能材料重点实验室、教育部创新科学仪器工程研究中心及国家理科科学研究和教学人才培养基地，部分教授还是教育部“985工程”“先进材料”和“生物医学”科技创新平台的重要组成部分。
化学系现有在职教职工160人，其中专任教师100人，行政管理人员和实验室技术人员60人。教职工中，具有教授职称44人（其中博士生导师43人），副教授、高级工程师职称 32人，中级职称60人。 有中科院院士1人，双聘院士3人，国家“973”计划首席科学家1人， 教育部“长江学者”奖励计划特聘教授4人，国家级教学名师奖获得者1人，国家杰出青年基金获得者13人，复旦大学特聘教授5人，还聘有多位名誉教授、客座教授、兼职教授等。
2010年招收本科生94人，硕士研究生82人，博士研究生50人。在读本科生388人，硕士研究生209人，博士研究生180 人。
化学系承担了重要的国家和上海市科研课题，成果显著。仅2009年中，科研经费到款数为6200万元，在研科研项目141个。 其中 “973”重大基础研究项目子项目7个，“863”国家高技术研究计划项目10个，自然科学基金重点项目 6个，自然科学基金面上项目23个，省部级项目91个。 在国内外核心刊物上发表SCI论文328篇。
由赵东元院士指导的博士研究生有3人获全国优秀博士学位论文，化学系还有6名博士生获得全国优秀博士学位论文提名。由蔡文斌教授指导的研究生科技作品“金属布线的桌面加工技术”获第十届“挑战杯”决赛特等奖。共计6位研究生学位论文获得上海市研究生优秀成果奖，2004级本科生集体被评为“全国先进班集体称号”，2005级本科生、2005级研究生集体双获“上海市先进集体”称号。
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