从明年9月开始，南开大学将实施研究生培养机制改革，以新的奖助学金体系代替原有的公费、自费研究生培养制度。在学全日制博士生硕士生可通过申请优秀奖学金和各类助学金获得培养费和生活费。此机制适用于2008年及以后入学的研究生。

届时，南开65%的硕士研究生和全部的博士研究生每年都将获得由学校提供的不同等级的奖学金(含研究生培养费和生活费)。其中两年制硕士研究生3个等级分别为每年14300元、13100元和11900元；三年制硕士研究生则分别为每年11800元、10600元和9400元；博士研究生4个等级为每年21600元、19200元、16800元和12000元。

第一学年，研究生奖学金的评定主要依据其入学的初试和复试成绩来确定，推荐免试研究生最低享受二等奖学金。第二和第三学年则根据研究生的综合表现，每年重新评定一次奖学金。享受研究生奖助学金的时间仅限于基本学制期限内。

除了奖学金外，南开研究生还可申请助研、助管、助教三类岗位津贴的助学金。助研津贴主要面向博士研究生，全部由导师科研经费提供，额度从每月80元至200元不等。此外，导师有权根据硕士研究生参与科研项目情况，给他们提供适当数额的科研津贴。助管津贴面向硕士研究生，分为每月150元和每月300元两个等级。助教津贴面向博士研究生，每月400元。