基础医学院承担全校各专业本科生、研究生的前期中、西医基础课程的教学任务，分设5个学科大类、19个教研室，现有教职员工187名，其中具有研究生学历者146名（占78%），正高30名、副高37名。学院管理的在校学生近千名，其中硕士生、博士生200余名。学院设有2个博士后流动站，4个博士点，5个硕士点。中医基础理论学科是国家中医药管理局重点学科，中医医史文献学科为国家教育部重点（培育）学科及上海市重点学科，中医诊断学科是上海市重点学科，中西医结合基础学科是市教委重点学科。此外，中医临床基础学科在全国中医院校中也具有一定的学术优势和地位。学院在开展中医藏象研究、中医“证”的研究、中医四诊客观化研究、中医防治亚健康研究、中医体质学研究、中医学术史研究、中医经典防治重大疫病研究及中医方证相关研究等方面均取得可喜成绩，并创立了具有中医特色的解剖学科，其学术水平全国领先。目前，学院承担国家和部市级课题21项，科研经费889万。近年来，学院先后主编国家统编规划、中科院教材委规划及新世纪课程教材17本。拥有国家级精品课程4门，市级精品课程1门。学院是全国理科基础学科研究和教学人才培训基地，“国家理科基地科学研究和教学人才培养基地”中医基础教学团队，上海市教育系统优秀集体。

　　学院聘请多名国内外知名专家、教授担任名誉教授和客座教授，互访及学术交流频繁。学院有多名教授应邀赴美国、法国、日本、韩国、新加坡、澳大利亚等国讲学，在国际上为学校赢得良好声誉。

　　学院在历任领导带领下，长期以来为学校的教学科研作出重大贡献，成为学校教学与科研的主要支柱。学院名师辈出，名医荟萃，金寿山、刘树农、张伯讷、殷品之、张震夏、贾福华、沈济苍、万淑媛、裘沛然、凌耀星、傅维康、段逸山、柯雪帆、严世芸、赵伟康、严振国、曾兆麟、施玉华、顾文聪等著名中西医学家先后在学院任教任职。

　　目前学院上下一心，正以“勤求古训、融汇新知、务实基础、甘为人梯”的精神，为开创中医教学科研和谐奋进的新局面而努力。