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生态学是华东师范大学一个传统优势学科。本学科的硕士点和博士点分别建于1979年和1985年，是国内首批拥有生态学博士、硕士学位授予权的学科点。华东师范大学的生态学科是国家重点学科和上海市重点学科，并已顺利进入国家高等学校"十五"建设（21二期工程）。学科设有动物生态学、分子生态学、保护生物学、湿地生态学、行为生态学、野生动物管理与保护、植物生态学、景观生态学以及资源生态学等研究方向。其中：保护生物学，选择国家重点保护的野生濒危动物作为主要的研究对象，通过对其分子生态学、种群生态学、繁殖生物学和行为生态学的研究，在濒危动物保护与野生种群的恢复以及社会经济建设方面取得了重要成果，出版了国内第一部《动物生态学》和《野生动物保护原理及管理技术》、《中国的鹿类动物》、《濒危药用野生动植物的保护》等著作，建立了华东地区唯一的野生动植物进出口鉴定机构，在国内外具有一定影响。广泛开展国际合作，自1988年以来，和美国史密森研究院合作举办了十次野生动物保护与管理的国际培训班，建立了国际保护生物学中心、上海野生动植物检定中心，常年获得国际上主要自然保护组织和基金会的资助，并开展课题合作。景观生态学，针对我国一些生态关键区出现的经济发展与环境保护之间的尖锐矛盾，从景观尺度上，利用地理信息系统（GIS）和遥感（RS）等技术和手段，通过将地理学家的空间概念和生态学家的功能理念紧密结合在一起，分析和模拟区域土地覆盖和土地利用特征，提出区域的可持续发展模式。随着越来越多大尺度环境问题的出现，以及社会经济发展的需求，景观生态学已走到生态学科和土地管理的最前沿，而且目前依然在快速发展。
生态学科梯队合理，拥有一支很强的师资力量。本学科现有教师6人，其中教授及博士生导师3人，副教授2人，讲师1人。骨干研究队伍由多名归国博士和国内培养的博士和博士后组成，其中，3人担任国际学会的理事或委员、3人担任我国一级学会常务理事、理事或专业委员会委员，1人是教育部学科教学指导委员会成员；5人次获得教育部优秀青年教师、骨干教师，上海市"科技启明星"和"曙光学者"等称号。
目前所承担的重大项目有：华东地区扬子鳄野外种群的恢复和重建；东北虎的跨国界保护研究；保护区内人与野生动物可持续发展的经济示范模式；西藏濒危物种的保护生物学和保护区的研究；沙漠综合治理和治沙植被的可持续利用研究等等。此外，学科正积极参与上海市崇明岛全国重要湿地恢复样板示范区建设工程。
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