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应用气象学院的前身为农业气象学系，成立于1960年，是由我国著名农业气象学家冯秀藻先生创建。1989年更名为应用气象学系，1999年以应用气象系为基础组建环境科学系，大气物理系同时加入。2002年初，环境科学系一分为三，应用气象学系重新组建。2006年8月成立应用气象学院。2008年11月，大气物理学相关专业和教师成建制转入新成立的大气物理学院。
学院目前有应用气象学、农业资源与环境两个本科专业，应用气象学、城市气象学硕士点和博士点。现有在校博士研究生24人、硕士研究生123人、本科生547人。应用气象学专业办学时间长、特色鲜明，多年连续在国内同类专业中排名第一，具有较大影响力，是江苏省首批特色专业、江苏省品牌专业建设点、国家特色专业建设点。
学院设有应用气象学系、农业资源与环境系两个教学单位，建有中国气象局一级农业气象试验站、江苏省应用气象实验教学示范中心、农业资源与环境分析实验室、农业资源与环境信息技术实验室、华东干旱联合科学试验基地等教学科研实验室（基地）。
学院拥有一支年富力强、学历与职称结构合理、综合素质高的师资队伍。现有专任教师30人，其中教授8人，具有博士学位教师占90%以上。教师长期从事应用气象学领域的教学和科研工作，年均承担国家级科研项目20项以上，2009年度科研项目合同经费超过1000万。近年来，教师每年发表的SCI论文、申请的发明专利数均显著增加。研究成果曾获国家科技进步一、二、三等奖和世界气象组织MUMM奖，为我国农业气象发展做出了重要贡献。
学院成立50年来，秉承“厚基础、强实践”的人才培养理念，坚持理论与实践结合，为国家经济建设和气象事业发展输送了3000多名本科生和300多名研究生。中国气象局沈晓农副局长、加拿大皇家科学院院士、多伦多大学陈镜明教授、耶鲁大学终身教授李旭辉、中国科学院“百人计划”获得者于强研究员等是我院优秀毕业生的代表。2003年以来，本科生就业率均达到100%，高质量就业率平均达到96%以上，升学率稳定在35%左右。毕业生主要在气象、环境、农业、资源、海洋、部队、民航等部门从事科研、业务、教学或行政管理工作。
学院是中国气象学会生态与农业气象学委员会主任委员挂靠单位、中国农学会农业气象学分会副理事长单位。承担世界气象组织区域气象培训中心有关国际教育和培训任务。
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