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药学系创建于1975年。1986年获中药学硕士学位授予权。在2006年全省47个硕士点检查评估中，该硕士点获总分第一。中药学一级学科1992年被确定为省级首批重点学科，中药生药学为国家中医药管理局西部重点学科，中药生药实验室为贵州省重点实验室。目前，该系已经成为贵州省中药科级现代化产业人才培养和研究开发的重要基地。
该系目前有教学研究室9个，科研机构3个，教学、科研实验室4个，教学、科研仪器设备值逾1400万元。现有教学科研人员100余人，其中正教授22人，副教授27人；国务院和省政府特殊津贴者专家4人，省管专家2人，全国名老中药专家师承出师4人。省部级及院级学科带头人3人，中青年学术骨干4人，博士生导师 2人，硕士生导师 21人。
该系部累计发表论文500余篇，主编和参编的专著、教材45部，开发成功、投产的新药及保健药品46个；获省部级成果奖11项，其它获奖9项，发明专利5项，成果转让5项，科研成果被采用11项，创直接经济效益1740多万元。目前，该系还承担有国家自然基金、国家中医药管理局、省中药现代化、省长基金、省科技厅等58项课题。
中药学（含中药方向、营销方向、分析方向、涉外方向、苗药方向）、药物制剂、制药工程等专业设于该系。
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