1999年1月，根据国家专业目录调整和我院发展的需要，新疆财经学院党委决定从马列部、市场系、统计与信息系和工商管理系抽调四个教研室组建经济系。2007年3月经教育部批准，学校更名为新疆财经大学，2007年9月在原经济学系的基础上成立了经济学院。 

全院教职工43人，其中专任教师37人、行政教辅人员6人；有教授5人、副教授13人，讲师19人，占比分别为13.5％、35.1％和51.4％；硕士14人，博士7人，硕士以上比例为56.7％，博士比例为18.9％。教师中有民族教师12人，汉族教师25人。

院领导由院长、院总支书记、副院长共4人组成，目前设有院办公室、三个教研室即政治经济学、应用经济学、西方经济学和一个研究机构即新疆经济研究中心，拥有政治经济学(2000年获得)、区域经济学(2000年获得)、产业经济学(2003年获得)、中国少数民族经济(2006年获得)四个硕士学位点和经济学本科专业，并承担全校经济学专业基础课的教学任务。其中区域经济学是校级重点学科。

截至2007年12月，在校本科生357人，在校硕士研究生53人。

经济学院综合发展目标是：以学校总体发展思路和科学发展观为指导，结合我院学科特点，以本科教育为基础，以研究生教育为重点，研究生教育以理论经济学为基础，以应用经济学为重点，突出区域特色，以师资队伍建设为基础，以科学研究为驱动，以科学管理和制度建设为手段，通过几年的努力，把我院建设成新疆区域经济高层次人才培养基地和新疆区域经济政府决策咨询中心，力争获得区域经济学自治区重点学科和区域经济学博士学位授权点。

学科建设思路具体为：以“区域经济学”专业为龙头，以“产业经济学”和“人口资源环境经济学”专业为两翼，以“中国少数民族经济”专业为躯干，以“政治经济学”和“西方经济学”专业为两足，突出区域特色，发挥区域优势，解决区域经济发展问题，为政府提供决策依据，为企业提供经济服务，为国家和自治区培养经济人才。

以新疆区域经济与城市管理研究、新疆优势资源开发与产业发展研究、新疆少数民族经济发展研究三个主攻方向作为学科建设与发展的突破口，坚持应用学科优先发展的原则，制定相关鼓励政策，资源重点倾斜，努力提高研究能力和整体学术水平。

在教学改革方面，我们实施了案例教学、多媒体教学、启发式教学等现代化教学方法和手段，在民族教学改革、教学内容、实践教学和课程体系改革方面积极探索，积累了一定经验，收到了较好的效果。

在科学研究成果方面，通过制定科研激励办法，以及鼓励、督促与帮助相结合等措施，经济学院科研实力明显增强，科研数量显著增加，科研质量有较大提高，出现了以“国家自然科学基金项目和国家社科基金项目成功立项，并完成高质量成果”为代表的精品科研，科研工作在全校处于前列。与各级政府联系密切、承担科研项目多，科研经费改善了教师的教学条件，科研工作推动本科教学质量提升，服务自治区经济建设，已经形成了经济学院的一个突出的特色。