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集美大学生物工程学院成立于2001年2月，由创办于1972年的食品工程系组建而成。三十几年来，共培养各类毕业生3500余人。现设有食品科学与工程、生物工程、环境工程三个本科专业，食品科学、微生物学、农产品加工与贮藏、食品加工与安全、食品工程五个硕士学位授予点。2010年9月全日制在校本科学生1081人，全日制在校研究生73人。
学院现设有化学教研室、食品科学与工程教研室、生物工程教研室、环境工程教研室；集美大学食品与生物工程研究所集美大学环境工程研究所；厦门市食品生物工程技术研究中心、厦门市食品科技研发检测中心；福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室、福建省高校食品微生物与酶工程研究中心、生命科学基础实验中心和食品与生物工程综合实验室。
学院现有专任教师68人，省级教学团队1个，专任教师中教授11人，副教授31人；具有博士学位31人，具有硕士学位26人；专任教师中高级职称教师占教师比例61.8%，具有博士学位教师占45.6%，具有研究生学历教师占83.8%。已建立了一支职称结构、学历结构层次较高，专业知识结构符合要求，年龄结构较为理想，综合素质较好的师资队伍。
近年来，学院已先后承担了多项国家自然科学基金、国家科技部攻关、国家863、福建省科技计划、厦门市科技计划项目等的科学研究，取得了一批具有较高学术价值、应用价值的科研成果，并逐渐在水产品加工及其基础研究、农副产品保鲜与加工及综合利用、食品发酵工程、食品安全检测技术、海洋生理活性物质资源开发等方面形成了一定的优势与研究特色。
学院综合实验总面积1.1万平方米，现有教学、科研仪器设备总价值约3500万元，设备总数2200台（套），其中，10万元以上大型仪器设备38台/套。拥有较好的教学、科研及实验条件。
食品科学与工程专业
本科，学制四年，授予工学学士学位
培养目标：培养在本领域从事科学研究、技术开发、品质保证、生产管理和市场营销的高级工程技术人才。
培养要求：系统学习食品科学与工程的基础理论、基本知识和基本技能，获得科学研究、技术开发、质量管理等方法的训练，具有食品加工、保藏、资源综合利用、检验和质量管理等方面基本能力。
就业方向：毕业生可在食品加工与制造，食品原料与配料，食品物流与营销等企业，以及相关的研究所，大专院校和以食品产业为对象的经济管理，公共卫生，技术监督，商品检验和贸易等部门工作。
主要课程：有机化学，生物化学，微生物学，化工原理与设备，食品化学，食品营养与卫生学，食品分析与检验，食品工艺学，食品质量管理学。
环境工程专业
本科 理工类学制四年 授予工学学士学位
培养目标：培养具备环境监测、环境规划与管理、环境工程设计和研发等能力的工程人才。
培养规格：掌握与环境工程有关的基础理论、基本方法和基本技能，具备在环境工程领域从事规划、设计、监测、管理以及研发等综合能力。
毕业生的服务方向及适合的工作岗位：在公司、企业、科研院校以及相关单位从事环境监测、环境规划与管理、环境工程设计和研发等方面的工作。
主要课程：无机与分析化学、有机化学、物理化学、环境科学导论、环境化学、化工原理、工程制图、工程力学、环境工程学、水处理工程、环境监测、环境规划与管理、环境评价学、固体废物处理处置和环境科学与工程研究进展。
生物工程专业
本科 理工类学制四年 授予工学学士学位
培养目标：本专业培养具有生物科学基本知识和较系统的生物工程原理及其产业化工程技术的基本理论及基本技能，能在生物技术及工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的高级生物工程技术人才，同时也为研究生的培养输送合格人选。
培养规格：本专业学生主要学习微生物学、有机化学、生物化学、基因工程、化工原理等方面的基本理论和基本知识；进行细胞培养与选育、发酵工程、酶工程和生物制品制造工程等方面的专业训练；在生物产品的开发、生产、管理、工程设计和市场营销等方面具有基本工作能力；熟悉与生物工业有关的方针、政策和法规，了解当代生物工业发展动态和应用前景。
毕业生的服务方向及适合的工作岗位：能够在科研机构或高校从事科研或教学工作，在医药、食品、农业、环保、园林等行业的企、事业单位和行政部门从事与生物技术有关的工作。
主要课程：有机化学、生物化学、微生物学、化工原理、细胞生物学、发酵工程与设备、生化工程、生物工艺学。
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