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福建师范大学数学与计算机科学学院的历史可追溯至1907年建立的福建优级师范学堂的数学专业。建国以后，福建华南女子文理学院、福建协和大学、福建省立师范专科学校、福建省研究院、福建学院等单位经过调整合并成立福建师范学院，保留发展了数学系。1972年改名为福建师范大学数学系。1996年成立计算机科学系，与原有的数学系合称为福建师范大学数学系、计算机科学系，2002年12月成立数学与计算机科学学院。
学院已为国家共培养了一万多名本、专科生和一百多名研究生。他们走上工作岗位后，积极工作、奋发向上，对社会作出了应有的贡献。有的成为本省中学工作或基础教育的骨干，有的成为地方的党政领导干部，有的成为各级工商、金融、税务、公司等企事业单位的会计和电脑开发的人才。
学院现有在职教职工155人，闽江学者4人，专任教师130人，其中教授22人，副教授45人，有博士后经历10人，具有博士学位60人，在读博士11人，博士研究生导师11人，硕士研究生导师56人。有7人入选国家级、省级"百千万人才工程"，有1人被评为省优秀中青年骨干教师，1人被评为省优秀教师，有4人获国务院政府特殊津贴。
学院的概率论与数理统计1993年被评为省重点学科，基础数学2005年被评为省重点学科。曾获国家科技进步二等奖1项，教育部科技进步二等奖1项，建设部科技进步一等奖、二等奖各1 项，航天部科技进步二等奖1项，交通部科技进步二等奖1项，省科技进步二等奖11项，以及多项的省科技进步三等奖。2000年以来，学院获国家自然科学基金项目34项，德国洪保基金1项，教育部基金2项以及270多项省级、厅级基金项目；先后共出版专著10多部，在国际权威刊物和国家一级学术刊物上发表论文由每年10多篇（2000年）增长到每年100多篇（2011年）。
1983年获基础数学、概率论与数理统计两个硕士学位授权点，2000年获应用数学硕士学位授权点，2006年获基础数学博士学位授权点、数学一级学科硕士学位授权点；以及计算机软件与理论硕士学位授权点和计算机应用技术硕士学位授权点；2009年获数学博士后科研流动站；2011年获得数学、统计学一级学科博士点，计算机科学与技术、软件工程、统计学一级学科硕士点；学院还有应用统计学、学科教学（数学）专业硕士学位点，课程论（数学）学术型硕士学位点。学院现有数学与应用数学、信息与计算科学、计算机科学与技术、电子信息科学与技术4个全日制本科专业和数学、计算机应用2个函授本科专业，以及计算机科学与技术网络本科专业，现有各类在校生4000多人。
学院设有数学系、计算机科学系，以及函数论、代数、几何、微分方程、概率统计、中学数学、信息与计算、软件工程、计算智能、软件理论与图形图像、体系结构、网络与信息安全等12个教研室；设有公共计算机教学部、公共数学教学部和数学研究所、计算机科学研究所、应用数学研究所、数学与计算机科学教育研究所；建有计算机基础、网络、数学、软件、硬件等本科教学实验室，学院的实验中心已成为福建省的实验教学示范中心。学院还有福建省高校重点实验室（网络安全与密码技术实验室），主办面向基础教育的月刊《福建中学数学》（CN35-1084101）。
学院历来重视本科教学工作，1996年以来，《深化改革，努力提高基础课高等代数的教学质量》、《高师计算机基础教育教学体系的开拓与建设》、《适应高科技发展需要的新课程设置及学分制改革》等三个教学改革项目分别获得省级教学成果一、二等奖。《近世代数》、《C与面向对象程序设计》、《实分析》、《高等数学》获得省级精品课程；《电子技术基础》获省级精品课程建设立项。2009年数学与应用数学专业获批为国家级特色专业建设点。学院还获得省级教改项目《数学与计算机师范类复合型人才培养模式创新实验区》，并从2008级起开设“数学与计算机双师型人才实验班”。
1999年以来，学生在国内外各类重大学科竞赛中屡获佳绩，先后获得"挑战杯"全国大学生课外科技作品竞赛三等奖3项、全国大学生创业计划大赛银铜奖、国际数学建模竞赛一等奖2项、ACM国际大学生程序设计竞赛亚洲区银奖一项、铜奖3项、全国大学生数学建模竞赛一等奖2项、全国研究生数学建模竞赛一等奖1项、全国计算机仿真大奖赛一等奖1项、全国大学生英语竞赛一等奖2项等佳绩，多次获得校长嘉奖。
由福建师范大学数学系61级学生、香港知名企业家、福建师范大学客座教授吴维新先生于2006年捐资创立吴维新教育基金每年30万元用于奖励福建师范大学数学与计算机科学学院品学兼优的学生和资助福建师范大学数学与计算机科学学院的贫困学生克服经济困难并顺利完成学业。基金还对按国家有关规定获得保送资格或高考成绩排名在福建省前1%而进入福建师范大学数学与计算机科学学院就读的新生分别给予1万元或8000元的奖励。
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