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哈尔滨工业大学食品科学与工程学院创建于2005年12月，前身为哈尔滨工业大学食品科学与遗传工程研究院。
学院下设食品科学系、食品工程系、生物化工系、食品安全研究中心、中法国际乳品科学与技术实验室（HIT-INRA）。国家轻工业甜菜糖业质量监督检测中心、黑龙江省食糖产品质量监督检验站、全国甜菜糖业标准化中心挂靠在我院。2005年12月，以学院为主体与法国国家农业科学研究院联合成立了“中法乳业学院”。由我院负责编辑出版的《中国甜菜糖业》是我国唯一公开对外发行的甜菜糖业中文科技核心期刊，《生物信息学》是从2004年起对外公开出版发行的中文科技核心期刊。
学院共有教职工44人（专职教师30人，高级职称教师14人），其中教授5人，博士生导师4人，境外（爱尔兰）兼职博士生导师1人，境外兼职教授3人（美国、台湾、日本），境内兼职教授1人。具有博士学位的教师占教师总数的72.4%，副教授及以上教师普遍具有海外留学背景，高素质的师资队伍为高水平人才培养提供了保证。
学院现已形成本科生、研究生培养等多层次办学体系。学院自2004年起在化学工程与技术一级博士点下招收生物化工专业方向的博士和硕士研究生，2005年开始招收食品科学与工程专业的本科生，2007年开始招收食品科学专业的硕士研究生。
学院以培养“精英型”高素质人才为目标，在教学中引入世界先进的教学理念，突出能力培养。在本科教育上采用3+1和导师制的培养模式，加强基础理论知识的培养和专业技能的训练，注重学生创新能力的培养。本科生在进入专业基础课学习阶段后，可跟随指导教师参与科研活动，以提高学生的实际操作技能和科研能力。学院在本科教学中注重双语教学，目前双语课程占本科生专业基础和专业课的30%。此外，学院还定期邀请国外著名大学的知名教授为本科生和研究生开设课程，使学生能够及时了解学科的发展态势。
学院的研究领域涉及食品安全与质量控制、乳与乳制品理论与技术、现代农产品加工技术及装备和品质、天然生物活性成分的分离与纯化技术、功能性食品和新食物资源的开发与利用、生物反应过程控制和生物反应器的设计、食品发酵技术及工程、食品生物技术以及食品科学基础理论的研究等。上述研究内容得到了国家自然科学基金、国家“863”计划、国家科技支撑计划、科技部专项计划、农业部科技专项、省、部、市级重点攻关计划和基金项目、国际合作计划以及企业等多渠道的科技计划的支持。
学院承担着国家“863”计划、国家科技攻关、农业部科技专项、省部市级重点攻关计划和基金等多项科研课题，另外还承担着企业、部门间的横向课题和其他多项国际合作项目。研究领域涉及食品安全与质量控制，食品安全标准化研究，乳与乳制品理论与技术，现代农产品加工技术、装备和品质，天然生物活性成分的分离与纯化技术，功能性食品和新食物资源的开发与利用，生物反应过程控制和生物反应器的设计，食品发酵技术及工程，食品生物技术，以及食品科学基础理论的研究。
学院坚持高起点、国际化办学的思路。2004年学院与法国农业科学研究院（INRA）、法国西部农业大学（Ouest Agrocampus）签署了合作协议，双方就人才培养、科研合作开展了全面的合作。每年学院从新入学的硕士生中选拔7-8名优秀学生，直接进入法国西部农业大学攻读硕士学位。2010年，学院与爱尔兰都柏林国立大学（UCD）签署了教学和科研合作协议，学位每年派出2-3名优秀毕业生去爱尔兰都柏林国立大学攻读硕士学位。此外，学院还与美国康奈尔大学、兰斯顿大学、加拿大联邦农业部食品研究中心等国际上著名的大学和科研机构室建立了长期的合作关系。每年都有研究生以联合培养的方式进入这些实验室学习和工作。良好的学习和科研环境，为培养高素质的专业人才奠定了基础。
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