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我院1982年开始与天津轻工学院联合招收食品工程专业硕士研究生，1986年正式获得食品工程专业硕士学位授予权；是国内较早开办食品本科专业和研究生教育的院校之一。本院食品科学学科1996年被国内贸易部确认为部级重点学科，2001年被黑龙江省确定为省级重点学科。次年食品科学与工程实验室被确定为省级重点实验室。目前已经拥有一个“食品科学”二级学科博士学位授权点，一个“食品科学与工程”一级学科硕士学位授权点（涵盖食品科学、粮食油脂及植物蛋白工程、农产品贮藏与加工和水产品贮藏与加工四个硕士学位授权点）和一个“发酵工程”二级学科硕士学位授权点，黑龙江省研究生培养创新示范基地1个。2004年创立研究生培养创新基地以来，研究生申报省级研究生创新基金项目6项，校级研究生创新基金项目8项。截止到2008年7月本院已向社会输送研究生241人。
我院历来注重研究生培养质量，加强各个环节的质量监控，制定严格规范的培养流程，研究生培养质量得到了同行专家的高度评价。石彦国教授指导的2004届研究生程翠林同学的硕士学位论文，在第三届省优秀学位论文评选中，获黑龙江省优秀硕士学位论文。2005届研究生王彬在第八届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中荣获三等奖。学院毕业的研究生有的到国外攻读博士学位，有的考上国内知名高校的博士。有的已经成为企业及研究机构的业务骨干，还有的已经走上了领导岗位。
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