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黑龙江中医药大学基础医学院前身为黑龙江中医学院基础医学部，始创于1972年4月,1997年7月更名为基础医学院。现有教研室18个，教职工105人，具有正高级职称者26人，副高级职称者25人；具有硕士以上学历者52人，其中博士24人，博士后4人，在站博士后7人。特聘教授1人，国外客座教授1人，省内客座教授4人。
承担学校各专业、各层次中西医基础课、共同课等必修及限选课42门，任选课13门。获得国家级教学成果一等奖1项、二等奖1项，国家霍英东教育基金（教学类）三等奖4项，省级优秀教学成果一等奖4项，省高教学会教学一等奖10项、二等奖15项、三等奖26项，校级教学成果奖35项。
任全国统编教材和新世纪规划教材主编5部、主审3部、副主编10部、编委20部；主编、主审全国统编教材和新世纪规划教材教学参考书4部。任全国案例式教材主编2部，副主编2部，编委1部。
拥有国家级重点学科1个、国家中医药管理局重点学科1个、省级重点学科5个；国家中医药三级重点实验室1个、省级A类重点实验室1个；具有博士学位授予权的学科5个，具有硕士学位授予权的学科7个；博士生导师17人，硕士生导师37人。
现有国家精品课程3门、黑龙江省精品课程5门、黑龙江中医药大学精品课程13门。
多数学科都已经形成了稳定而有特色的研究方向，1996年以来，中标科研课题累计400余项，科研经费700余万元,科研成果及获奖93项。获中华中医药学会科技进步三等奖1项，省政府科技进步二等奖4项。现主持校级以上科研课题150余项，其中，国家局级以上10项。
现有中国百名杰出青年中医2人，黑龙江省名中医4人，黑龙江省中医名师4人，黑龙江中医药大学名医5人。另外，培养了多名优秀中青年中医。拥有附属中医门诊1个。
近年来，荣获全国先进工作者称号1人，国家级教学名师1人，首届中医药传承特别贡献奖1人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，全国优秀教师5人，全国师德先进个人1名，国务院政府特殊津贴7人，霍英东教育基金青年教师奖4人，全国教育系统先进集体1个。黑龙江省劳动模范5人，黑龙江省杰出青年科学基金获得者2人，黑龙江省三育人先进个人3人，黑龙江十大杰出青年、黑龙江省卫生系统跨世纪拔尖人才、黑龙江省“五四奖章”、黑龙江省青年科技奖、哈尔滨十大杰出青年、哈尔滨市青年科技奖等校级以上表彰及奖励60余人次。学院连续四次被学校命名为校文明单位标兵。荣获“三育人先进集体”和工会先进集体等多项荣誉。
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