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药学院的前身是昆明医学院药学系，创建于1996年6月，于2001年4月更名为药学院。设置药学专业，属省级重点学科，招收和培养药物化学、药理学方向的硕士研究生。是我省天然药物、民族药物开发研究及教学的科研基地。
药学院现有教职工35人，其中博士10人（含在读3人），硕士11（含在读3人）人，占专任教师比例的70%。包括2名学科带头及3名骨干教师。目前有在校研究生、本科生近300人。
在学院党委的正确领导下，我院全体师生共同努力在各方面取得了优秀成绩，得到学校的充分肯定。院党委被评为“2005年度校级优秀党委”，学生党支部获“校级优秀党支部”奖，3名党员荣获“优秀党务工作者”、“优秀党员”称号。在2004-2006年度“优秀三育人”表彰中，我院3名教师及药化教研室获此殊荣。在诸多竞赛及评选中均屡屡有我院师生传来的捷报。
在多年的教学实践中，学院逐步建立了完善的教学质量监控与保障体系，规范了教学过程，提高了教学水平。学院高度重视学生实践动手能力的培养，购入400余万元的仪器设备，实验开出率达到教学大纲的100%，同时指导学生较早进入和专业相关的岗位，提供更多实践机会。学院建立了20余个教学实践基地，每届学生必须到其中进行毕业实习。严格的教学保障体系为我省培养了一批批优秀的药学专业人才，得到社会好评，毕业生就业率一直在95%以上。
近年来，学院获国家自然科学基金资助课题、省部级资助纵向课题10余项。对外合作与交流活跃，尤其与泰国宋卡王子大学建立了良好的合作交流关系，同时与社会各界也有着广泛联系，如：云南白药、昆明制药、省药物研究所、中科院昆明植物所等。主持研制成功哌乃克、血塞通注射液、冠心宁胶囊等国家新药，获得省级以上科研成果4项，获专利3项。编写出版教材及专著10余部，发表学术论文200余篇。
春华秋实十余载，与时俱进创辉煌。药学院将传承昆医文化精魂，奠定一流科学的基石，成为云南医药科技的领跑者，为民族健康事业和昆医药学的荣誉而不懈努力!
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