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大理学院药学院建立于1995年，1996年正式招收药学专业本科学生。主要培养从事药物研究与开发、药品生产和使用等领域的高级药学专门人才。药学院成为大理学院较有特色，且发展潜力较大的一个校属学院之一。药学专业与生物医药产业相结合的办学模式曾受到来校视察的原国务院副总理李岚清的充分肯定。
药学院现有八个省级重点建设项目，即一个省级重点建设专业——药学专业，三个省级重点学科——药理学、药物化学及药学，一个省级重点实验室——云南省高校昆虫药物研究重点实验室，一个省级实验教学示范中心——药学实验教学示范中心，一个省级高等学校特色专业建设点——药学专业，一门省级精品课程——药理学。药学院于2003年获药物化学硕士学位授予权，迄今招收了四届硕士研究生。另外，经云南省和国家食品药品监督管理局（SFDA）批准，药学院为云南省执业药师培训中心之一。
药学院现有6个教研室和相应的专业实验室，包括基础化学、有机药化、分析与药物分析、药理学、生药学、天然药物化学、药剂学等学科。为本科生开设33门必修课和28门选修课。
药学院有一支年龄结构合理、素质高、教学效果好的优秀教师队伍。现有教职工58人，其中副高及其以上职称者23人（教授9人，副教授和高级实验师14人），讲师和实验师19人。具有博士和硕士学位者25人。还聘有17位全国知名药学专家为客座教授。
迄今，药学院已有8届741名本、专科生毕业。现有各类在校学生1079人，其中全日制本科生768人（含越南留学生2人），硕士研究生36人，成教生275人。
药学院非常重视教学基本建设。自成立以来，学校投入建设费、重点专业建设费、三个重点学科建设费以及各类大的科研项目费等的投入，使得药学的总资产达1000余万元。现已经建成了一批高水平的基础教学实验室，极大的改善了实验教学、科研和人才培养环境。目前，学院拥有千余件仪器设备，其中包括拥有红外（IR）、紫外（UV）、荧光（RF）分析仪、高效液相色谱仪（HPLC）、气相色谱仪（GC）、中压液相色谱仪、全自动胶囊充填机、全自动生化分析仪等一批大型精密仪器设备。
药学院有良好的科研条件。现有国家自然科学基金、云南省自然科学基金等各类科研项目40余项，近些年的累计研究经费已达600余万元。药学院的教学和科研工作取得较大成绩，先后取得新药证书3个，获省级科技进步奖和教学成果奖6项，获发明专利7项。
经多年努力，药学院已建成具有较高水平的每年均按时接收我校实习生的实习基地28个，包括中科院昆明植物研究所、上海第二军医大学、重庆医药工业研究院、云南省药物研究所、云南省第一人民医院、昆明制药集团股份有限公司、云南白药集团等单位。
药学专业毕业生以扎实的基础和良好的素质受到了用人单位的广泛欢迎。在药学院近几年的毕业生中，有考取北京大学、中国医学科学院、浙江大学等院校硕士研究生的、有被直接录用在北京药物所、重庆医工院、云南省药监局工作的，更多的在药物研究所及各大医院、药厂、药检所等单位工作，年终就业率95%以上。
药学院的办学宗旨是“教学为本、质量为本、本科为本”，力求办出特色，为社会不断输送高质量的药学专门人才。药学院的办学目标是：使药学院成为专业特色突出，以研究生教育为先导，以本科教育为主体，成人教育和执业药师继续教育为延伸的完整办学体系，坚持教学、科研、发展并重。
药学院院训是：和谐促药学发展 奋进铸药学辉煌
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