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山东省医学科学院基础医学研究所是一所集医学科研、疾病防治、研究生教育、科技开发为一体的省级专业研究机构，山东省一类科研院所。主要从事免疫学、病原生物学、实验病理学、生理学、中西医结合、心脑血管病、流行病学、血液肿瘤学、分子生物学、医学遗传学与基因工程等研究。其中免疫学为山东省医药卫生重点学科。拥有山东省医学遗传与基因工程重点实验室和山东省医药卫生肿瘤免疫与中药免疫重点实验室；为免疫学、病原生物学、内科学（心脑血管病和血液肿瘤）、中西医结合、流行病与卫生统计学等5个硕士学位授权学科；流行病与卫生统计学、免疫学2个联合培养博士学科。设有山东肿瘤生物治疗研究中心、山东省医学科学院心脑血管病防治研究中心、山东省医学科学院血液肿瘤防治研究中心等特色中心。为山东免疫学会、山东省医药生物技术学会、山东省心功能研究会挂靠单位。
现有在职职工75人，其中正高级专业技术人员26人、副高级专业技术人员22人。博士生导师2名，硕士生导师17名。下设山东省医学遗传与基因工程重点实验室、山东省医药卫生肿瘤免疫与中药免疫重点实验室（免疫学实验室、中西医结合基础实验室、血液肿瘤学实验室）、微生物学研究室、心脑血管病防治研究中心、实验病理学与生理学研究室、科技咨询服务中心、办公室、科教科、政工科10个科室。
1998年9月以来，全所共承担研究课题72项，其中：国家级课题8项，省级课题49项；获省级以上成果奖励21项，厅局级成果奖13项。在国内外公开刊物发表论文240篇，其中：在国家级学术刊物上发表论文130篇。近年来，全所承担国家863项目3项，国家自然基金项目16项。1998以来共招收培养博士研究生14名；招收培养硕士研究生66名。
近5年来，科技人员出国学习、考察、进修、攻读学位、讲学19人次。共执行山东省人事厅国际合作项目9项，先后同美国、英国、加拿大、瑞典、古巴等国家的专家进行了学术交流。
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