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中医文献研究所始建于1985年，为全国高校建立最早的中医文献研究所之一，是山东中医药大学所属专门科研机构。其前身为1976年设立的中医文献研究室。现有三个研究室/三个教研室（中医文献教研室、医学信息管理教研室、医学信息工程教研室）和中医药文化研究中心、海外中医药信息研究与交流中心。为中医医史文献博士、硕士学位授权学科点单位。
学科建设：中医文献研究所是中医医史文献学科建设的依托单位，是中医学一级学科博士点和中医学博士后流动站覆盖学科。中医医史文献学科1982年获硕士学位授予权，1986年获博士学位授予权，是国务院学位委员会批准的全国高校第一个中医文献学博士点。1990年经原国家教委批准，依托该学科设立全国唯一布点的中医文献本科专业。1992年被确定为山东省高等学校重点学科。2001年入选国家中医药管理局重点建设学科和山东省重点学科强化建设A级学科。2002年成为教育部全国高校重点学科。2005年成为省部共建教育部重点实验室——中医药经典理论实验室依托学科之一。2006年被山东省人民政府确定为“泰山学者”岗位；依托本学科建立的“中医药文献与文化研究中心”为山东省“十一五”省级强化建设人文社会科学研究基地。
师资队伍：拥有一支以博士、硕士为主，涉及中医药、文史哲、信息管理等学科专业，年龄结构、知识结构、学缘结构比较合理的学术梯队，造就了一批知名专家。现有教职工29人，其中终身教授1人，教授8人，博士生导师4人，硕士生导师7人，具有博士学位9人。有2人享受国务院政府特殊津贴，1人为山东省专业技术拔尖人才，1人为山东省有突出贡献的名老中医药专家，1人为山东省卫生系统1020工程中青年重点科技人才，4人入选省级中青年学术骨干、学科带头人培养对象。
科学研究：经过长期建设发展形成了三个稳定的研究方向：（1）中医经典文献与学科理论研究。本方向致力于中医药经典文献的整理、诠释和应用研究，是本学科的传统优势方向，在对中医药经典文献全面分析整理的基础上，进一步完善和丰富了中医文献学理论体系，提出了中医理论框架“近代模式”的问题及理论体系重构的基本思路和方法。研究成果《黄帝内经素问校释》、《针灸甲乙经校释》1989年分别荣获国家中医药管理局科技进步一、二等奖，《针灸甲乙经校注》1997年获国家中医药管理局科技进步二等奖，《近代科学思想与教育模式对中医基础学科群架构的影响》获第二十次山东省社会科学优秀成果三等奖。（2）中医临床文献整理与应用研究。本方向立足中医药临床文献的整理、挖掘、继承、发扬，致力于中医药学术传承，注重古为今用，初步构建临床疑难病证古代文献数据库和方药智能化数理分析平台，创新中医临床文献研究方法，填补中医病证类辞书编纂、宋代方书研究等空白。研究成果《中医方剂大辞典》获1998年度国家中医药管理局科技进步一等奖和 1999年度国家科技进步三等奖，《两宋名家方书精选丛书》获2005年度中华中医药学会科学技术（著作）优秀奖，《实用中药辞典》获省高等学校优秀科研成果奖二等奖。（3）中医药文献数字化研究。本方向对中医药文献数据库建设和古代文献数字化表达进行了深入而系统的探索，建立基于IA的中医药信息构建模式与方法，创建了以知识元为主体的中医药文献知识表示体系。研究成果“基于信息构建的古代科技文献支持保障系统”获山东省计算机应用优秀成果三等奖，“古代科技文献信息构建的理念与方法研究”获中国社会科学情报学会第三届优秀科研成果二等奖。
2001年以来，我所承担国家科技支撑计划项目“国家中药现代化科技产业基地公共信息服务平台-山东平台建设”、“中国高等教育文献保障系统（CALIS）子课题、“211工程”公共服务体系建设项目“中英文图书数字化国际合作计划（CADAL）”和“医药卫生科学数据库管理与共享服务系统”（子课题）、教育部博士点基金项目《基于发生学的系统脏腑理论研究》、国家中医药管理局重点项目《中医学术流派研究》等国家和省部级以上科研项目28项，已完成16项，获省部级科技奖6项，出版论著83部，在国内外有影响的杂志及核心期刊发表学术论文233篇。
人才培养：中医文献研究所是我国中医医史文献高层次人才的培养基地。本学科以培养传统文化底蕴深厚并兼通现代信息技术的复合型人才为目标，已形成国内唯一的中医医史文献学博士、硕士、学士三级学位教育体系。学科重视博士、硕士、本科不同层次教学内涵建设，经过不断探索与实践，形成了独具特色的人才培养教学模式，《中医文献学概论》入选山东省级精品课程，编写了《中医药信息工程学》、《医学信息学》等7种独树一帜的专业系列教材，其中6种入选国家教育部“十一五”规划教材暨新世纪高等中医院校创新教材。构建起了中医文献信息化专业实践教学体系和多媒体CAI课件及网络教学系统。形成一批教学研究成果，近五年，共承担教学研究课题30余项，获得省级教学成果奖6项，教育部多媒体课件大赛优秀奖2项，主编教材8部。建有中医药信息工程实验室、中医药文献示教室。设有专业图书资料室，藏有以中医药古典医籍与文史哲为特色的文献3万余册。
中医文献研究所以中医药学科和社会发展的需求引导学科发展的方向，初步形成了科研、教学和信息服务三位一体的架构。今后将以学科建设为龙头，以建设一流的中医药文献与文化研究基地、一流的专业人才培养基地、一流的信息服务基地为目标，加强内涵建设，不断促进中医药理论建设和知识创新，开创中医医史文献研究事业新局面。
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