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学院现有5个硕士点学位点（生态学、森林培育、木材科学与技术、林木遗传育种、园林植物与观赏园艺）和1个林业工程领域硕士专业学位点，其中，生态学硕士点于1985年获学位授予权，1986年开始正式招生；森林培育硕士点于2003年获学位授予权，2004年开始正式招生；木材科学与技术、林木遗传育种、园林植物与观赏园艺硕士点于2006年获学位授予权， 2007年开始正式招生；目前我院有硕士研究生指导教师48人，在校的科学硕士研究生133人，生源有来自广西、广东、湖南、湖北、河南、河北、四川、重庆、辽宁、江西、淅江、山西、山东、天津、吉林、内蒙等地。学院自1986年招生以来已培养毕业了12届硕士研究生，毕业81人，有的研究生直接考取中国科学院、中国林业科学研究院、北京林业大学、南京林业大学、中山大学、华中农业大学等博士研究生。林业工程领域硕士点于2006年5月获得专业学位授予权，2006年7月开始正式招生，目前，在校的林业工程领域专业学位研究生15人，聘任校内导师3人，校外企业导师5人。
此外，学院在做好硕士研究生培养的同时，为适应社会高层次人才培养的需要，学院与北京林业大学联合举办在职攻读农业推广（林科）硕士专业学位研究生班，自2000年开始招生以来，已培养毕业了4届专业学位研究生，毕业37人，现在在校就读74人。
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