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第四军医大学药学系成立于2004年10月，由药物化学教研室、药物分析学教研室、化学教研室、药理学教研室、药剂学教研室、天然药物学教研室、生物制药学教研室、药物基因组学教研室等9个教研室组成。学科设置合理，骨干学科齐全。
药学是我校“211”工程重点建设学科，现有博士、硕士授权学科9个；设有药学一级学科博士后科研流动站，国家中医药管理局三级实验室、国家科技部药代动力学实验室，全军基因芯片重点实验室、全军基因诊断技术研究所，第四军医大学药物研究所、生物技术中心、手性技术研究中心；现有各类专业实验室36个，总面积4900㎡，仪器设备总值3000余万元，拥有液质联用仪、高效液相色谱仪等十万元以上大型仪器设备60余台件。现有工作人员100余人，其中二级教授1名，教授、副教授28名，高级实验师3名，博士导师9名，硕士导师11名。教师队伍中拥有硕士以上学位者占91.8%，其中博士学位占74%。张生勇教授2009年被评选为中国工程院院士，荣获国家教育部第二届“全国教学名师奖”，并被评为全国优秀科技工作者、总后优秀共产党员。1名同志获总后院校“育才奖”金奖、5名同志获银奖，1名同志获总后“科技新星”，1名同志获“巾帼发明奖”，1名同志获总后“优秀教师”。
药学系成立后，使我校药学研究整体实力得到加强，人才队伍更加充实，结构更加趋于合理，科研方向进一步明确。学术带头人和主要学术骨干形成了具有明显特色的学术研究方向。其中手性药物合成的研究处于国际先进、国内领先水平；生物工程药物研发和中药新药研发形成了一定特色，具有较强实力；在药物作用的受体机理与药物构效关系，靶向前体药物，以及中药多糖研究和中药复方药代动力学研究等方面有较好的研究基础。
系成立以来，已获得国家科学基金42项、“863”项目15项、军队课题18项、省级课题38项，获得资助金额2870余万元；发表科技论文1000余篇，其中SCI收录国际论文135篇，总影响因子之和243.87，获得国家教学成果二等奖1项，军队教学成果二等奖1项，国家专利金奖1项，省部级科技进步奖一等奖6项，二等奖2项；签订成果转化合同17项，取得了较好的效益。药学系目前共获得国家新药证书8个，各类临床批件3项，获得发明专利证书40项。产生了较大的经济效益和社会效益，显示了较强的科技转化实力。
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