应用数学系成立于2002年，其前身为甘肃工业大学基础科学系数学教研室。现有基础数学、应用数学、运筹学与控制论三个硕士点，设有应用数学、运筹学与控制论两个研究所。应用数学系共有教师43人，其中教授9人，副教授8人。硕士研究生导师12人。7人具有博士学位，4人具有国外留学经历，大多数教师具有硕士学位。其中有1人获“霍英东教育基金会第九届高等院校青年教师”三等奖；有1人获得甘肃省优秀教师“园丁奖”；有2人获得甘肃省高校青年教师“成才奖”；有1人获得甘肃省“陇原新秀奖”。
本系多次获得甘肃省自然基金、甘肃省高校研究生导师基金、教育部春晖计划、国家自然基金青年基金的资助。本系多次获得甘肃省自然科学奖，甘肃省高等学校科技进步奖等诸多荣誉。主要研究方向有：半群代数理论、同调代数、环与模范畴，代数组合与组合优化；常微分方程、泛函微分方程、动力系统、非线性微分与差分方程及系统边值问题；随机控制理论及应用、信息科学中的随机模型、可靠性数学理论、模糊逻辑与模糊控制等。
应用数学系承担全校本科生、硕士研究生和博士研究生的数学类课程的教学任务。教学研究项目“工科数学模型教学研究与实践”获得国家教学成果二等奖和省级一等奖，“工科数学系列课程的改革与实践”获得甘肃省教学成果二等奖，“高等数学课程的优化教学”获得教育厅级奖。“高等数学”已建设成为甘肃省级精品课程。近年来共发表教学研究论文60余篇，编写出版教材5部。在连续五届的校青年教师讲课竞赛中，有3人获得一等奖，6人获得二等奖，5人获得三等奖。组织参加历年全国大学生数学建模竞赛并多次获得国家一等奖、二等奖。“数学教学团队”被学校列为重点建设教学团队。
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