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安徽农业大学工学院的前身为1958年建立的安徽农学院农业机械系，1959年开始招生，1989年农业机械系更名为农业工程系， 2001年更名为安徽农业大学工学院。五十多年来，学院已为国家培养输送了6000多名高级工程专门技术人才，毕业生遍及省内外机械制造企业、农业机械科研与管理部门、建筑工程设计部门、大专院校和政府机关，他们在不同的工作岗位上为国家及地方的发展做出了突出的贡献。先后有100多名毕业生出国进修、攻读学位和合作研究，部分学成回国已成为国内知名企业家、单位首席专家、博士生导师、学科领域的学术或技术带头人。
学院设有农业机械系、机械电子工程系、建筑环境与能源工程系、工学基础教学部、工学院实验中心、机电工程园等六个基层教学单位。现有农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、车辆工程、农业水利工程、农业建筑环境与能源工程、电气工程与自动化六个一本专业。其中农业机械化及其自动化专业2010年被教育部批准为国家级特色专业，机械设计制造及其自动化专业2008年被省教育厅批准为省级教改示范专业，农业建筑环境与能源工程专业2010年被省教育厅批准为省级特色专业，工学实验教学中心2005年被批准为省级基础实验示范中心。目前，全日制在校本科生1679人，研究生89人。近三年来，毕业生的一次就业率均在90%以上，位居学校前列。
工学院现有在职教职工77人，其中教授9人，副教授29人。教师中具有博士学位15人（其中博士后4人），在职攻读博士学位12人，70%以上具有硕士学位。学院聘请了十多位国内外著名专家学者担任“讲席教授”和“客座教授”。现有“农业工程”和“机械工程”两个一级学科硕士学位授权点，下设农业机械化工程、农业生物环境工程、农业电气化与自动化、农业水土工程、机械设计及理论、机械电子工程、车辆工程、机械制造及其自动化等二级学科硕士学位授权点。“农业机械化工程”学科为安徽省省级重点学科，“农业建筑环境与能源工程”学科为校级重点扶持学科，“农业机械化工程”实验室为校级重点扶持实验室。
近五年来，学院先后承担国家自然科学基金项目1项，省部级等各类科研项目80余项，科研经费近2000万元；在国内外各类期刊和学术会议上发表学术论文332篇，其中SCI、EI、ISTP收录80篇；编著出版教材及专著37部，其中主编、副主编17部；获省级教学成果二等奖1项、三等奖1项，获省级科技进步一等奖1项、三等奖1项、市级科技进步奖1项、省级科技成果17项，获国家发明专利8项、实用新型专利26项、软件著作权7项。
“十二五”期间，学院重点建设“现代农业机械装备工程”、“农村能源工程研究”两个科研平台。主要研究方向有大宗作物生产机械装备、名特优农产品加工装备、养殖与设施农业工程装备、农产品深加工设备、农业电气化工程、秸秆综合利用、养殖企业污染治理（沼气工程）、其他新能源工程、车辆结构与环境保护和机械设计制造系统等。学院现有“电子技术应用研究所”、“农业机械工程研究所”、“农产品加工研究所”、“车辆电子与电器研究所”、“农村能源工程研究所”等五个研究所，与企业联合成立了“农业机械工程研究院”、“插秧机研究所”、“茶叶机械研究所”。近年来研究所加强与企业的合作，参与企业科技攻关，增强了学院为地方和企业服务的能力，横向课题的到账经费稳步增长。
根据安徽农业大学办学定位、办学指导思想和规划，工学院坚持和突出以教学为中心、以本科教育为主体，以提高教学质量、培养高素质人才为目标，以农业工程学科为依托，大力发展城乡工业化、农村城镇化和现代化建设急需的工程学科专业，同时努力发展研究生教育，经过“十一五”期间的发展，学院办学初步形成了自身的特点和优势，在“十二五”期间，学院将积极创造条件申报“农业工程”一级学科博士学位授权点，形成以本科教育为主体，博士、硕士、本科和成人继续教育层次齐全，产、学、研紧密结合，突出为“三农”服务的、具有工程学科特色的教学研究型学院。
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