果树学学科是南京农业大学校重点建设学科，是全国同类学科中创建最早者之一，1986年获准硕士学位授予权，2000年获准博士学位授予权，学科从创建至今为国家培养了几代园艺学家和专业人才。设有4个研究室：果树种质资源整理与利用研究室、果树生物技术研究室、果树生理研究室、果树发育生物学研究室以及果树生理、果树遗传育种与生物技术、果树种质资源整理及利用、果树发育分子生物学、植物生长调节剂在园艺作物上的应用等6个研究方向。现有教师和研究人员15名（含2人兼职），其中教授、研究员4名，副教授7名。博士生导师：章镇教授，张绍铃教授，姚泉洪研究员（兼职）。
　　
　　硕士生导师：姜卫兵副教授，汪良驹副教授，房经贵副教授，陈建中副教授，高志红副教授，常有宏研究员（兼职）。（1）果树生理，主要研究果树逆境、光合等栽培生理（张绍铃、汪良驹、姜卫兵）；（2）果树遗传育种与生物技术，主要研究果树重要经济性状的遗传规律、综合利用育种和生物技术方法选育果树新品种（章镇、陈建中、姚泉洪）；（3）果树基因工程，主要研究果树重要经济性状目的基因克隆、转基因等（章镇、姚泉洪）；（4）果树种质资源整理及利用，主要研究重要果树种质资源的收集、保存和评价，重要性状的分子标记，构建分子图谱等（章镇、房经贵、高志红、常有宏）；（5）果树发育分子生物学，主要研究果树自交不亲和分子机理，果树成花和品质形成机理等（张绍铃）；（6）生长调节剂在园艺植物上的应用，主要研究新型的植物生长调节剂ALA和其他生长调节剂在果树生产上的应用，以提高果树产量和品质（汪良驹）。
　　
　　学科目前承担国家“863”项目、国家自然科学基金、高校博士点基金、科技部科技成果转化基金以及省部级项目30余项，年均在研经费三百多万元，学科具备良好的实验条件和工作环境，近年获得部、省级科研奖励4项，年发表核心期刊、SCI、ISTP学术论文50余篇。