中西医结合基础学科创建于20世纪50年代末。是我国最早成立的中西医结合学科之一；是全国中医药院校中最早设立博士学位授予点、博士后科研流动站和长江学者工作岗位的单位；是我国首批 211工程重点建设的学科和教育部理科基础教学与人才培养基地的建设单位。
　　
　　目前，已经形成以著名专家为核心、高层次中青年学者为主体、结构合理的学术梯队。建立了层次齐全的中西医结合基础人才培养体系。该学科现有教授13名，博士生导师9名，具有博士学位的中青年学者8名，归国人员9名；先后有国务院中西医结合学科评议组成员2名，现任学科召集人1名；先后有19位专家学者享受国务院特殊津贴；国家级的基金项目、新药评审委员11名；教育部科技委员2名；全国一级学报主编和副主编4名；在中西医结合领域，有9位全国性专业委员会主任委员和副主任委员建立了层次齐全的中西医结合基础人才培养体系。现有在读七年制学生240名，硕士研究生29名，博士研究生24名，进站博士后人员6名。已经培养硕士博士研究生109名，其中博士学位45名，博士后出站人员11名，在国内外教学和科研岗位上发挥着重要作用。
　　
　　该学科在中西医结合防治心脑血管疾病及抗器官纤维化的原理研究、方剂生物效应的现代理论基础研究中医脉象现代生物学基础研究、针刺镇痛机理研究等方面形成了学科研究的特色。脑病病因病机、心脑损伤与器官纤维化的中医治法、脉诊与舌象现代生物学基础、针刺镇痛机理、方证关联理论的现代研究等已深入到细胞、基因水平，且取得了比较突出的成就。九五期间，获国家级奖励2项、部局级奖励6项；出版学术专著3部，主编教材8部，在国内外学术刊物发表研究论文435篇；提出了具有中西医结合基础特色的多个理论假说，且已纳入七年制、研究生教育及教材中；指导研制通络救脑注射液、参仙升脉液等中药制剂，为企业发展和国家经济建设起到了一定的促进作用。
　　
　　十五期间该学科将会继续发扬其在全国中医药院校中的影响作用，带动全国同类学科的建设及学术发展。把本学科建成探索培养高层次中西医结合基础人才新模式的基地；成为中西医结合医学的知识创新和理论创新的基地；成为解决中西医结合临床具体问题的研究基地。为适应我国加入wto，中外医学交流与合作以及宏扬中国特色的新医学，提供强有力的支撑和必要的基础条件。