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安徽中医学院创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。
学校是国家博士学位授权立项建设单位、国家中医临床研究基地建设单位、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、硕士研究生推荐免试单位，是安徽省第七、第八、第九届文明单位。2005年以优良成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估，2009年学校以优异成绩率先通过国家教育部中医学专业试点认证。2011年获省政府批准组建安徽省中医药科学院（与安徽中医学院一个机构二块牌子）。占地近1 000亩的少荃湖新校区建设被列入安徽省“861”计划，2013年秋季开学一期工程竣工投入使用。
学校现占地总面积1 171亩，有梅山路、史河路、少荃湖三个校区。教学科研仪器设备总值近8 000万元。图书馆纸质藏书87万册、电子图书80万册，古籍部珍藏古籍线装书3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药标本中心是全国医药院校珍藏标本最丰富、独具特色的标本馆，储藏了近10万份药用植物腊叶标本。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
学校现有在校本专科生10 024人，硕士生764人，留学生69人。现有12个二级学院（部）、2所直属附院、4所非直属附院、10个中医药研究所。现有教职工2 400多人（含两所附院），其中副高以上职称人员近500人，皖江学者·讲席教授2人，博士生导师11人，硕士生导师298人，享受国务院特殊津贴35人、省政府特殊津贴5人，国家名老中医学术经验项目指导老师22人。有来自国内外的50名知名专家学者担任我校客座教授。
学校现有4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、2个专业学位硕士学位授予授权点，5个博士生联合培养基地，29个本科专业（方向）。有 6个国家中医药管理局重点建设学科、1个省级重中之重学科，7个省级重点建设学科，3个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。有5个国家教育部高等学校特色专业、6个省级特色专业，1门国家级精品课程、16门省级精品课程，2个国家级教学团队、3个省级教学团队，先后获国家级、省级质量工程项目100余项，国家级教学成果奖1项、省级教学成果特等奖1项、一等奖4项。
学校以人才培养为第一要务，牢固确立教学中心地位，把提高教育教学质量作为永恒主题，注重学生创新精神与能力素质的培养，人才培养质量不断提高。广泛开展PBL教学，在临床专业建立客观化结构考试中心，2010年开始与长春、福建2 所中医药大学开展相互交流培养学生；设立大学生课外科技创新与创业基金；开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛和“挑战杯”等各级各类竞赛活动；广泛开展各类社会实践活动。2008—2012年学校共有学生190 余人次在学术科技与创新创业领域获省部级以上表彰和奖励60 余项。学校曾被授予全国大中学生志愿者“三下乡”社会实践活动先进集体。2008年以来，学校毕业生平均就业率在94%以上，连续获得安徽省普通高校就业工作“先进集体”或“标兵单位”称号。
“十一五”以来，学校共承担各级各类项目1 000余项，其中承担国家“973”计划、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级项目100余项，科研经费2亿余元；取得研究成果300余项，获得省部级以上科技奖励30余项。现有4个省级科技创新团队，24个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟。学校被国家科学技术部授予“全国科技特派员工作先进集体”称号，被国家中医药管理局授予“中医药科技管理工作先进集体”称号。
学校与美国、澳大利亚等17个国家和地区的41个医疗和教育机构建立了友好合作关系。1994年获准招收国外留学生，先后有20多个国家和地区的学员来校攻读硕士、学士学位以及临床研修。与美国、瑞典、新加坡、日本、韩国及港澳台地区的院校开展学者互访交流和学生互换学习。
建校以来，我校培养了近3万名高素质的中医药人才，遍布安徽省及国内外医药领域。2000年以来，学校相继与皖北中药材支柱产业区、皖南新安医学发源地、皖西大别山革命老区等市县人民政府签订了全面科技合作协议，与河南宛西、江苏康缘、华润三九等国内知名中医药企业签订战略合作协议，建有亳州济人药业等25个产学研合作基地，开展50多项技术服务。经过50多年的建设，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校，为地方经济社会发展做出了积极贡献。
面向“十二五”，学校将深入贯彻落实科学发展观，秉承“至精至诚、惟是惟新”的校训理念和“北华佗·南新安”的医学传统，进一步坚定中医信念，弘扬中医精神，继续走“质量立校、人才兴校、科技强校、特色弘校、文化塑校、和谐融校”之路，解放思想，抢抓机遇，深化改革，加快建设，为创建富有特色、卓有贡献、高水平有影响的安徽中医药大学努力奋斗。
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