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管理科学与工程学院是在原信息工程学院、电子商务学院和数学与数量经济学院管理科学专业的基础上合并组建而成。其中，原信息工程学院的前身是创建于1984年10月的经济信息系，2006年11月更名为信息工程学院，是东北地区乃至全国财经类高等院校中成立最早、资格较老的同类院系之一；原电子商务学院成立于2001年4月，是经国家教育部正式批准的电子商务本科教育试点单位之一，也是我国最早成立的电子商务专业教育的学院之一。东北财经大学管理科学与工程学科于1985年在全国率先招收经济信息专业本科生，2000年获硕士学位授予权，2005年获博士学位授予权，2008年3月被辽宁省教育厅确定为省级重点学科，2009年7月被辽宁省教育厅“提升高等学校核心竞争力特色学科建设工程”确定为“高水平重点学科”。
管理科学与工程学院的总体办学思路是按国家级重点学科的标准进行学科建设，坚持走有特色的学科发展之路；主动适应社会需要，满足经济发展和现代化建设对管理科学与工程的人才需求，把管理科学与工程学院建成多层次、复合型人才培养基地。管理科学与工程学科是学校经济管理类的骨干学科，学院紧密依托东北财经大学的经济、管理学科优势，建设特色鲜明、优势突出的学科。学院目前设有管理科学与工程博士学位授权点；管理科学与工程、计算机应用技术两个硕士学位授权点；信息管理与信息系统、电子商务、管理科学、计算机科学与技术四个本科专业。管理科学与工程学院现已形成以全日制大学本科、硕士、博士教育为主，以辅修专业教育、在职研究生教育、国内外联合办学为辅的，多层次人才培养体系，为国家建设和社会发展培养了大批的复合型高级管理科学与工程类人才。
管理科学与工程学院拥有一支教学经验丰富、科研能力强、梯队结构合理、勇于开拓创新的高水平师资队伍。学院现有专职教师52人，其中博士生导师4人，教授14人，副教授15人，讲师20人，助教3人；24名教师具有博士学位，在读博士18名，8名教师有国外学习进修的经历。这些教师大多来自于全国著名高等院校的相关专业，许多教师都具有理工科学历和经济学学历双重知识背景。他们中，有享受政府津贴的知名教授、教育部专业指导委员会委员、学科带头人和骨干教师等，组成了一支年龄、学历结构较为合理的教师团队，为学院的教学、科研和学科建设与发展奠定了坚实的基础。
学院为培养高层次复合型人才提供了完善的教学和科研环境。学院拥有根据学科和专业特点设立的先进的Cisco网络实验室、电子商务综合实验室、东北财经大学—IBM电子商务技术中心、计算机硬件实验室、计算机软件实验室以及信息管理综合实验室，用于教学和学生实验操作。
管理科学与工程学院注重国际交流与合作。学院与国外多所著名大学建立了密切的学术合作关系；教师多次参加各类国际学术会议，应邀到美国、日本、加拿大等地进行访问研究和讲学；学院也多次聘请国际国内知名的教授来校讲学，同时与国内外著名大学合作，进行博士生联合培养。
管理科学与工程学院始终坚持以学生为本、培养高素质复合型人才的办学理念，把人才培养作为全院的中心工作。学院现有在校博士研究生41人，硕士研究生131人，本科生626人。管理科学与工程学院的毕业生具有广阔的就业领域和较高的就业率，迄今为止，学院28%的毕业生就职于各级政府机关、高等院校、金融机构、科研单位等；50%的毕业生进入大型企业和公司工作；另有22%的毕业生考取研究生（其中包括北京大学、浙江大学、吉林大学、大连理工大学等国内知名高校）和出国留学。
学院通过加大课程建设力度、实施教育质量工程、建立创新团队，提高了教学和科研水平。近年来，学院承担了多项国家自然科学基金、国家社会科学基金与国际合作项目，完成多项省、部级课题，多次获得国家级、省部级科技进步奖与优秀教学成果奖，有多门课程被评为国家级和省级精品课程。
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