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辽宁大学
博士研究生招生考试自命题科目考试大纲
科目代码： 3049 考试科目： 生物信息学
本考试大纲由 生命科学院 （单位）于 2016 年 9 月 27 日通过。
一、考试形式和试卷结构
（一）试卷满分及考试时间
本试卷满分为 100 分，考试时间为 180 分钟。
（二）试卷题型结构及分值比例
名词解释（约 20 分）；简答题（约 30 分）；问答题（约 30 分）；
分析设计题（约 20 分）。
二、考查内容
1.生物信息学中常用生物数据（核酸序列、蛋白质序列、蛋白质
结构）的测定方法和数据存储格式。
2.常用的生物信息学网站（NCBI、EBI、ExPASy 三大门户网站）、
数据库的相关概念和使用方法，如核酸数据库、基因组数据库、蛋白
质数据库及蛋白质结构数据库，能够熟练使用常见生物信息学网站。
3.序列比对的基本概念、算法、常用软件以及比对方法，常见打
分矩阵和空位罚分体系，一致性、相似性、同源性之间的共同点和不
同点，能够熟练使用工具软件开展序列比对。
4.序列数据库搜索工具 BLAST， BLAST 的算法，各种 BLAST 的方
法和原理，能够熟练使用 BLAST 工具软件检索和分析。
5.系统发育进化树相关概念、方法，使用 MEGA 等进化树分析软
件构建进化树的方法，三种常见的进化树（近邻法、最大简约法、最
大似然法）的构建算法和检验方法，能够熟练使用工具软件制作微生
物系统发育进化树。
6.蛋白质结构的组成和层次，序列相似性与结构相似性同蛋白质
分类之间的关系，蛋白质结构分类及相关数据库。蛋白质三维结构的
可视化的概念、方法。常用蛋白质结构预测方法，包括二级结构和三
级结构。能够熟练使用工具软件开展蛋白质的各种功能的计算预测，
能够熟练使用工具软件查看蛋白质的三维结构，能够根据提供信息开
展蛋白质三维结构的同源模建和分子动力学计算模拟。
7.数据挖掘与机器学习的概念，常见机器学习算法，包括决策树、
随机森林、支持向量机等。
8.基于结构的药物设计，小分子化合物数据库文件格式及转换方
法，分子对接、分子动力学模拟的基本概念和方法，能够熟练使用工
具软件开展虚拟药物筛选设计。
9.生物大数据的相关概念、意义及其研究进展。
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