北京交通大学理学院成立于1998年8月，目前涵盖了数学、物理、化学、生物四个一级学科，现下设3系3所——数学系、物理系、化学系、光电子技术研究所、生物科学与技术研究所、激光研究所，拥有光学工程一级学科博士点，和光学、运筹学与控制论2个二级学科博士点，有数学、物理学、光学工程3个一级学科硕士学位点，以及15个二级学科硕士学位点，并设有光信息科学与技术、信息与计算科学、材料化学3个本科专业。此外还招收理科实验班——思源班。除了承担大量的基础和专业教学工作外，还开展广泛的科学研究。
现拥有国家级物理实验教学示范中心、国家工科物理教学优秀实验基地；“发光与光信息技术”教育部重点实验室，“信息存储、材料与显示”铁道部开放实验室；以及3个专业实验室：光信息科学与技术实验室，化学实验室，信息与计算科学实验室，和全面建设的生物科学与技术实验室。 实验室面积5000m2 ，设备资产近4500万 。
理学院自成立以来，始终坚持以学科建设为龙头，以师资队伍建设为核心，以条件建设为支撑，以制度建设为保障，不断深化改革，在师资队伍建设、学科建设、教学研究、人才培养、科学研究等方面取得了长足的进步。
现有教职工183人，教师155 人，拥有中国科学院院士徐叙瑢，国家级和北京市教学名师王玉凤教授，兼职教授洪涛院士、姚建铨院士、陈志南院士等。拥博士生导师28名（含外聘1名），教授36名，副教授70名，有博士学位的教师占教师总数的53.5%，超过35%的教师有三个月以上的出国经历。 目前在校本科生约1500人，硕士研究生280余人，博士研究生130余人，理学院本科生近三年的深造率一直名列学校前茅。
理学院作为本科生理学基础的培养基地，以国家级物理实验教学示范中心、国家工科基础课程物理教学基地为基础，以国家级教学名师为带头人的师资队伍致力于教学研究、教材建设，在大学物理及物理实验等基础教学方面成绩显著。2005年获得国家教学成果特等奖一项、二等奖一项，实现了学校教学成果特等奖零的突破。2005年国家工科物理基地荣获优秀基地称号，2006年物理实验中心通过评审成为国家级教学实验中心。同时，全面启动了工科数学基地的建设工作。2002 年以来我校本科生在全国和国际大学生数学竞赛中成绩突出，一共获得一等奖20个，二等奖23 个，三等奖43 个，处于北京市高校前列。已出版国家“十五”教材及研究生、本科生系列教材 47部，其中北京市精品教材2部，北京交通大学第1部教育部推荐的研究生教材。
建院以来，学院的学术水平和科研社会服务能力得到稳步提升，先后承担有国家973、863、国家自然科学基金重点和面上项目、国家杰出青年基金、国家科技支撑项目、国际合作项目、以及各部委各行业、地方政府的科研项目，服务国防科技的能力也大大提高。“十五”期间科研合同经费是“九五”的4.6倍，目前年科研合同经费近2000万。学术论文从数量到质量也年年提高，“十五”期间发表SCI 论文占学校总数的41.2%，理学院SICE检索论文已连续 5年居全校之首，年发表学术论文已近400篇。已授理专利86项，授权发明专利49 项。 获得省部级科技奖4项。
理学院积极为教师和学生创造学术交流平台，每年组织学术报告80场左右，邀请国内外大学和研究机构的学者前来交流介绍最新科研进展。不断拓展对外联系，先后与美国、德国、加拿大、日本以及香港等国家和地区的大学或学院建立了广泛的学术交流、科研、教学项目的合作，每年教师出国外访人数近20人。
理学院经过十年建设，已形成一批有鲜明特色的学科研究方向，着力培养和选聘了一批青年专家和学科带头人，形成了以基础科学研究为主、以交叉学科为新兴增长点的科研新格局。保持学科已有方向的特色、优势与国内领先水平的基础上，力争在更多方向上达到国际先进水平。力争使学院成为承担国家基础研究的基地和人才的培育基地。
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