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为适应国家和云南省地区经济及农业发展的需要，依托并发挥昆明理工大学工科多学科的综合办学优势，1999年底，经有关专家认真论证研究后，昆明理工大学于2000年5月成立现代农业工程学院。
5年多来，在学校领导下，农业工程学院在师资队伍建设、学科建设、办学规模、实验室建设、科研建设、对外联合办学等方面都取得了较大进展，积极为学校的本科教学工作和人才培养作贡献。学院坚持学校的办学指导思想，积极探索在理工大学综合办学条件下农业工程高级专业人才培养模式，旨在培养基础扎实、知识面广、能力强、素质高并具有创新实践能力的本科应用型人才。
学院现有教职工29人，其中教授、副教授7人，博士1人，在职攻读博士2人，硕士17人，在职攻读硕士2人；具有省中青年学术与技术带头人后备人才1人，省高级专业技术引进人才1人，省教育厅高校教学科研带头人1人。校内双聘兼职教授、副教授12人。师资队伍学历层次较高、年龄结构合理、学缘结构较好。先后有5人到国外访问学习，2人到国内著名大学进修。
为保证农业工程专业人才培养要求，专业教学基本条件的建设具有十分重要的地位。为此，我院根据农业工程学科发展的特点，建成了农业生物环境测控综合实验室、农学与生物学综合实验室、农业信息工程综合实验室，还具有一个现代化的温室校内实践教学基地和一个实验计算中心。并与美国BTA公司合作，建立了昆明理工大学TSTTC（托马斯育苗技术培训中心），按照国际先进的教学培养方法，从农业工程的系统角度，全程用英文对学生进行培训，取得了较好的结果。
几年来，农业工程学院教职工积极参加科学研究工作，现已承担校级以上科研项目 10 项，其中国家级项目 1 项，省部级项目 2 项，科研经费达69 万元。本院教职工在国内外各类刊物发表论文100多篇。学院重视对外交流合作，不断扩大社会影响，已和多家企业签订了建立合作关系的协议，与美国俄亥俄州立大学农学院签订了合作备忘录。学院现在是云南省农业机械学会副理事长单位、《农业装备技术》编辑委员会成员单位、《云南农业科技》理事及编辑委员会成员单位、国家自然科学基金项目评议人单位。
农业工程学院自建院以来，坚定地以本科教育为主，依据“厚基础、宽口径”的原则，努力探索实践按农业工程一级学科大类专业培养模式进行人才培养的方案，为现代农业发展和农业产业化建设的需要，培养具有农业产业化经营管理、工程技术和科学研究的坚实理论基础及实际工作素质的高级农业工程专业应用人才。到目前为止，我院已招收六届农业工程专业本科学生，共计663人，已有2届毕业生，共计184人（含结业3人），其中有166人获得工学学士学位。学院现有全日制农业工程专业本科学生共计478人。
过去几年本科人才培养过程中不断实践探索，在2000版本科人才培养计划中，以农业工程一级学科大类专业培养模式为依托，下分两个培养方向：农业电子信息工程和设施农业工程。学院围绕这一人才培养模式，严格制订教学计划，不断改革教学内容，优化课程体系，努力实施学分制。在 2004版本科人才培养计划中进一步完善了农业工程宽口径专业基础与专业特长模块相结合的本科人才培养体系，并通过改革实验教学方法和内容，设立农业工程相关的综合实验课程，切实加强培养学生创新实践能力。
今年，在学校领导下，在各学院的大力支持下，我院的学科建设取得了重大进展，其标志就是研究生教育的突破。在综合学科优势的支持下，昆明理工大学一次就获批农业工程领域的全部4个二级学科硕士学位点，农业工程学院也实现了农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程、农业机械化与自动化3个硕士学位点的突破，学院的发展也将打开新篇章。
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