南京理工大学于2010年7月以现有环境科学与工程、生物化工、辐射防护及环境保护等学科和生物工程、环境工程、辐射防护与环境工程三个专业为基础，新组建了环境与生物工程学院。环境工程专业成立于1979年，环境监测专业成立于1983年，均是江苏省成立最早，也是国内同类院校中较早招生的环境类专业。1998年，根据教育部学科专业调整要求，环境工程专业与环境监测专业合并，成立了新的环境工程专业，并获评国防科工委重点学科，江苏省特色专业；生物工程专业成立于1994年，是“211”工程重点建设学科；辐射防护与环境工程专业成立于2007年，是国防科工委紧缺专业、国防特色专业。
学院拥有省部级重点学科1个，省部级特色专业1个，国防科工委紧缺专业1个。建有国家推广中心1个，教育部工程中心1个，江苏省技术中心1个，江苏省高校重点实验室1个。开设3个本科专业，拥有2个博士点、4个硕士点、2个工程硕士领域。根据国内外环境和生物工程相关专业发展趋势，逐步形成了水污染控制理论与工程、大气污染控制技术与工程、固体废弃物处理与处置技术、环境监测理论与技术、膜分离理论与技术、环境生物材料、基因工程与生物物质分离提取，生物化学与酶工程，资源微生物开发和利用、辐射防护与环境工程等多个研究方向。
院已建立起高水平的由名誉院长唐孝炎院士领衔的学术队伍近50人，其中高级职称29人，教师和科研人员中拥有博士学位的比例达到75%，具有海外留学背景的超过60%，形成了结构优化、团结协作、富有创新的团队。一些中青年教师已迅速成长为国内有一定影响的学科带头人，多人分别获得“中国青年科技奖”、“全国环保杰出贡献者”、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、“霍英东教育基金”、“江苏青年科技奖”和“省部级有突出贡献中青年专家”等奖励。
近年来，学院先后承担了国家863、973、国家自然科学基金、国防军工等一批重点重大项目，科研经费逐年上升。发表学术论文1000余篇。先后获得包括国家科技进步一等奖、省部级科技进步一等奖等在内的各类国家、省部级科技成果奖30多项；同时，学院还积极与大型企业合作，完成许多产学研及环保合作项目，解决了围绕企业的环保技术难题，在国内外具有较高的知名度和影响力。学院十分注重国内外的学术交流和合作。与美国、加拿大、澳大利亚、法国、瑞典、日本等国及港台地区的高校和科研机构建立了长期的合作关系。每年派出多名访问学者、交流学者、研究生到国外知名高校学习交流，有效提升了学院的自主创新能力和科技竞争力。
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