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1985年，当时隶属于中国人民银行的西南财经大学为配合银行电子化和信息化工作，建立了经济信息管理系，设“经济信息管理”专业。2001年11月更名为经济信息工程学院。在学校各届领导的直接关心和指导下，学院依托学校经济、管理学科优势，凝练出“理工固本、财经铸魂”的办学理念，逐步形成经济信息管理和金融信息化应用领域人才培养和科学研究的特色和优势。
经过20多年的发展，目前学院办学层次完整，现有信息管理与信息系统、计算机科学与技术（金融信息化）、电子商务三个本科专业；设有技术经济及管理、计算机应用技术、金融贸易电子商务、经济信息技术及管理、管理科学与工程五个硕士点；设有技术经济及管理、经济信息技术及管理两个博士点。2007年9月建立了“MBA运营管理与商务智能”方向。至今已培养本科毕业生1900余人，硕士毕业生60余人。目前在校本科生人数已达831人，硕士研究生120余人，博士研究生9人。
学院拥有一支以中青年教师为主体、学缘结构良好的教学科研梯队。现有教职工61人，其中博士生导师3人，教授8人，副教授21人，已经获得博士学位的7人，在读博士12人。近年来，学院教师荣获中国人民银行、四川省优秀教学成果奖多项，承担和参与国家社会科学基金、自然科学基金、其他省部级科研项目和各类横向课题30余项，四川省精品课程3门，出版和发表了400多部（篇）较高水平、有一定影响的专著、教材和学术论文。目前学院的主要研究方向包括经济信息管理、财经计算科学与应用、计算机应用、电子支付与安全、数据挖掘与处理、商务智能等。学院广泛参与学术交流与合作，近年派出多名教师参加国内外学术会议、讲学、进修，邀请多位国内外专家教授来院讲学。2004年举办了第二届中美电子商务高级论坛暨第三届全国高校电子商务专业建设联席会议，2007年举办了首届电子支付与电子商务国际研讨会（EPECC）。
学院有良好的教学、科研及实验条件。现有计算机教学与开发实验室、电子技术实验室、网络综合实验室、电子商务与商务智能重点实验室、中美商务智能联合实验室。为加强支付结算学科建设和人才培养，2005年，中国人民银行支付结算司、清算总中心与西南财经大学合作共建“西南财经大学支付结算研究中心”。中心以经济信息工程学院为依托，配合中国国家现代化支付系统（CNAPS）建设与发展需要，致力开展支付系统、支付工具、清算组织和监督机制等方面的研究工作。“中心”拥有全国高校唯一的“现代支付结算研究”方向博士和硕士学位授权点，表明了学校和学院在支付结算领域的特色和优势。力争3-5年内在支付结算体系理论和实务研究、支付系统技术研发及测试、支付结算学科建设和人才培养等方面形成特色，成为我国支付结算领域重要的学术研究机构、项目研发与测试基地和技术培训中心。
学院高度重视学生实践动手能力和创新精神的培养，体现在课程的实践环节和到校外集中进行项目实训等方面，努力提高学生就业的竞争力。学院与思科公司合作建立思科网络技术学院，与有关政府部门、信息技术公司、人才市场等合作共建了近10个实习实训基地，在校外企业化的软件工程及网络技术实训基地进行专业实训。学院3个本科专业的部分学生可通过考研和免试推荐进入研究生阶段的学习，还可通过和德国、奥地利等国家交换学生，使优秀学生获得出国学习的机会。
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