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根据社会发展对医药卫生管理人才的需求，依托我校医学教育和人文社会科学教育两方面的教学资源，于2001年5月创建管理学院。
管理学院主要培养管理学、心理学方面的实用型人才，设有公共事业管理专业（包括卫生管理方向、医事法律方向、信息管理方向、健康保险方向）和应用心理学专业（临床心理方向）。
在学校“以中医药为主，多学科协调发展”的办学思想引导下，管理学院的教师队伍建设、学科课程建设、实验室建设等方面得到了长足的发展，办学综合实力增强。2009年应用心理学（临床心理方向）专业更改为中医学（临床心理学方向）专业；2011年公共事业管理（信息管理方向）专业升级为信息管理与信息系统（医学信息方向）专业。
管理学院的教研室构成涵盖了管理学、经济学、心理学、法学、外国语言学、计算机科学暨信息学、公共艺术等学科，承担本学院专业人才培养任务，以及与执业医师资格相关的卫生法规、医学伦理学等全校性公共基础课的教学和科研任务。《中医心理学》是学校重点建设学科；《大学英语》为省级精品课程；《卫生法学》、《医院管理学》、《心理咨询学》为校级精品课程。专任教师61人，其中高级职称9人，中级职称42人，初级职称10人。近5年来教师共发表论文158篇，出版学术专著5部，担任副主编和参编全国、省规划教材13部；中标科研课题76项，其中厅级以上课题22项、校管课题37项。
管理学院拥有较为完善的教学科研基本设施。心理学实验中心设有：基础心理实验室、心理测评室、心理咨询与治疗模拟实验室、情景模拟实验室；还设有管理学实验室、模拟法庭、多媒体语音室、计算机暨信息学实验室；另外设有学院教师教学图书资料室、师生阅览室。学生实践教学基地丰富，除了学校附属医院、教学医院外，省市卫生厅局、疾病预防控制中心、精神卫生中心、各专科医院、市区法院、各律师事务所、司法鉴定中心，以及保险公司、医药集团等企事业单位均为学生实习基地。2011年9月，经福建省法学会及福州市司法局批复，挂靠于管理学院的福建省法学会医事法学研究会和福建中医药大学法律援助站成立，为我省医事法学研究以及专业学生的实践提供了良好的平台。
管理学院一贯注重学生综合能力的培养，始终把人文素质和科学精神教育融入人才培养的全过程，贯穿教育教学的各环节，并通过各级各类社团活动、青年志愿者活动和社会实践活动，丰富知识、锻炼能力，提升大学生的人格、气质、修养等内在品质，促进学生的全面发展。
按照“先成才后就业”的教育理念，学院在专业教育的全过程中，重视强化学生实践动手能力的训练，如开展各种类型的比赛、演讲、社会调查、科研课题研究；开展教学方式改革；开展基于企业的大学生实践基地建设，拓宽学生的校外实践渠道。同时，注意加强学生的就业能力、就业心理教育，指导毕业生根据国家社会的需要，结合个人具体情况，树立积极健康的就业意识和择业期望，把握住择业的主动权。全院教师热心关注学生的成才与就业，在广大师生的共同努力之下，毕业生就业情况良好。公共事业管理（卫生管理方向）2010届毕业生年终就业率为96.43%，2011届为91.2%；公共事业管理（医事法律方向）2010届毕业生年终就业率为98.14%，2011届为96%；应用心理学（临床心理方向）2010届毕业生年终就业率为80%，2011届为89.8%。
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