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四川农业大学小麦研究所是四川省人民政府1984年批准建立的专业研究机构。2008年5月14日，小麦研究所从都江堰搬迁到了成都温江区四川农业大学成都校区。小麦研究所设有小麦分子遗传与基因工程育种、小麦细胞遗传与染色体工程育种、小麦族系统学与资源利用3个研究室，3个研究室下设分子生物学实验室、基因工程实验室、细胞遗传实验室、种质资源与材料创新实验室、品质遗传与分析实验室及育种基地6个实验室。拥有固定多年生苗圃、标本室、中期和短期基因资源库以及温江和都江堰2个大田试验基地。
现有教职工38人，包括教学科研人员21人，科研助理8人，技术工人4人，办公室管理人员2人，实验室管理人员1人，工勤人员2人。教学科研人员中，博士导师8人，教授或研究员10人，副研究员8人，有博士学位的教师21人，具有出国留学或国外合作研究经历的教师14人。国务院政府特殊津贴4人，国家百千万人才工程人选2人，教育部新世纪优秀人才计划4人，四川省有突出贡献的优秀专家4人，四川省学术和技术带头人5人，后备人选5人。
获省部级以上科技奖励13项，其中， 国家技术发明奖一等奖1项（小麦高产、抗锈的优良种质资源“繁六”及姊妹系，1990）、国家自然科学奖二等奖1项（小麦族种质资源研究，2000年），四川省科技进步奖一等奖3项（小麦异种属基因库的建立及物种生物系统学研究，1999年；麦类基因资源发掘与利用研究，2006年；小麦重要育种目标性状基因的鉴定与利用，2011年）。近年，培育川农16（国审）、良麦2号、良麦3号、良麦4号、蜀麦375、蜀麦482等小麦新品种。
小麦研究所自1988年开始招收博士研究生以来，目前共培养毕业博士研究生68名，其中2篇博士学位论文分获2003和2004年度全国优秀博士学位论文（小麦特异种质资源分子生物学研究；山羊草物种高分子量麦谷蛋白基因的分子克隆），3篇博士学位论文获得2008，2009，2010年全国优秀博士学位论文提名（小麦族猬草属植物基因组组成及其分类地位研究；小麦异源六倍化过程及其在遗传育种中的应用；小麦种子蛋白及赤霉病抗性相关基因的分子鉴定）。近年来，已先后有17名博士生，获国家留学基金会资助在加拿大、澳大利亚和日本等国家的高校或科研机构进行联合培养。
前中共中央总书记、国家主席江泽民于1991年4月19日视察四川农业大学小麦研究所，对研究工作给予了充分肯定。
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