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四川理工学院于1983年设立发酵工程专业，是西南地区最早设立发酵工程专业的高校。1998年发酵工程更名为生物工程专业。经过二十多年的建设，生物工程专业已经发展成为四川省高等学校特色专业。目前四川理工学院是四川省生物工程类本科人才培养基地，拥有发酵工程硕士学位授权点、“酿酒生物技术及应用四川省重点实验室”、“四川省白酒生物工程技术研究中心”、“发酵工程”四川省重点学科。
本专业拥有一支结构、层次合理、业务水平高的师资队伍。现有教授10人，副教授13人，其中博士、硕士学位的教师达到85%，并外聘泸州老窖股份公司、五粮液集团股份公司等企业的知名专家担任兼职教师，高级职称比例达75%以上。本专业教师坚持教学与科研相结合，科研与企业生产相结合，取得了丰硕的教学科研成果。近年来，公开发表学术论文300余篇，承担省（部）级科研项目20余项，横向研究课题15项，先后为省内外多家企业进行了新产品设计和开发、产品质量提高和质量控制、关键技术控制等方面的科技服务，其中科技成果或技术实现产业化 10余项，为地方经济和企业发展带来了可观的经济效益和社会效益，也确立了本专业在传统酿造行业的重要地位。
本专业坚持“立足四川、面向西部、服务地方经济发展和培养应用性人才”的办学方针，走产学研结合的人才培养模式，实施素质教育，培养具有实践能力和创新精神的应用型、复合型的工程技术人才。本专业以现代生物工程技术的开发应用为主要研究内容，促进传统发酵工业的改进和新型发酵工业的建立，在酿酒生物技术及应用、发酵代谢调控、环境生物技术、工业微生物应用与开发等方面具有鲜明的特色和显著的优势。本专业已培养学生2000余名，毕业生分布在全国的酿酒、制药、食品、环保等领域，深受社会的好评。特别在四川的名优酒类企业中，大量的技术骨干和管理干部为本专业的毕业生，其中涌现出了大批优秀人才：中国酿酒大师2名，国家级白酒评委5名，四川省白酒评委20余名。本专业被我国白酒著名专家沈怡方教授等誉为“中国白酒人才培养的摇篮”。
本专业已建成“生物工程中心实验室”。同时依托“酿酒生物技术及应用四川省重点实验室”、“四川省白酒生物工程技术研究中心”等教学科研平台，与企业和科研单位实现资源高度共享，实验教学和科学研究设备总值达3000万元以上，建立了分层次的实践教学平台，即：基础性实验教学平台、专业及综合性实践教学平台、创新教育平台、德育及素质教育平台。“酿酒生物技术与应用四川省重点实验室”是第一个在高校设立的以白酒研究为特色的省级重点实验室。目前该实验室建筑面积达3000平方米，拥有先进的酿造、分析和检测等仪器设备设施，总值2000多万元，其中国际一流设备20余台套。本专业重视实践基地建设，目前已建成“泸州老窖股份有限公司”、“四川保宁醋有限公司”等20多个实践基地。实验室和实践基地的建设为本专业人才培养和科学研究提供了必要的物质保障，同时也促进了生物工程专业快速的发展。
本专业充分利用完善的科研平台和人才资源优势，为企业生产提供了大量技术和信息服务，并先后与“泸州老窖股份有限公司”、“四川旭水酒业有限公司”、“四川保宁醋有限公司”等多家单位签订了“产、学、研”合作模式。目前已建成 “泸州老窖技术中心实验室”、“四川旭水酒业技术中心实验室”、“四川保宁醋研发中心”等校企合作科研中心。产学研合作也为生物工程专业的学生实习、就业提供了机会。本专业连续多年学生就业率在95%以上，毕业生深受社会欢迎。
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