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山东大学药学院前身为始建于1920年的齐鲁大学药科，是我国最早成立的高等药学专业院校之一。1952年全国高等院校调整时与华东白求恩医学院药科（始建于1947年）合并为山东医学院药科，1955年全国高等院校再次调整时，其师生分别合并到南京医学院、沈阳医学院、四川医学院和北京医学院。1971年山东医学院药学系在山东泰安楼德重建，1974年2月由楼德迁回济南。1997年12月改为山东医科大学药学院。2000年7月，山东大学、山东医科大学、山东工业大学三校合并组建新的山东大学，山东大学药学院由此成立。
合校后，学院充分利用综合性大学的优势，由原来的一个专业发展为现在的药学、制药工程、临床药学七年制三个专业，使学科门类涵盖了理、工、医三大门类，贯通了药物的发现、制造和使用三大环节。2000年药学专业被确定为山东省教学改革试点专业。2003年该专业被批准为药学一级学科博士学位授予点，并建立药学博士后科研流动工作站；2006年，药学专业被评为山东省品牌专业；2007年，药学实验教学中心被评为山东省实验教学示范中心；同年，药学专业被列为教育部第一类特色专业建设点。
多年来，药学院遵循“勤奋、严谨、求实、创新”的学风，致力于人才培养，已培养各类高等药学专业人才10000余人，为我国药学事业的发展做出了积极的贡献。目前，药学院拥有药学博士后科研流动站，药学学科一级博士学位授予点，药物化学等8个硕士学位授予点，覆盖了药学的全部二级学科。
药学院设有5个中心：
国家糖技术工程中心
山东省中药标准工程技术中心
山东省糖技术工程中心
山东大学执业药师培训中心
山东大学新药评价中心
有2个重点学科和1个重点实验室：
山东省“药物化学”重点学科
山东省“微生物和生化药物”重点学科
山东省“药物分子设计和创新药物” 重点实验室
引进1个学术创新团队。
设有卫生部临床药师培训基地。
药学院现有药学系、制药工程系和临床药学系，下设8个研究所，16个教研室和教学实验室，1个药物分析测试中心。全院现有教职工95人，其中专任教师56人，含教授26人，副教授20人，博士生导师15人。教师队伍中具有博士学位和在读博士学位人员达78.57%。现有教育部长江学者特聘教授1名，教育部长江学者讲座教授1名，全国师德先进个人1名，教育部教学指导委员会委员3名，山东省有突出贡献的中青年专家1名，山东省优秀教师1名，山东省医药卫生中青年重点科技人才4名，已形成一支结构比较合理的教师队伍和高层次的学术骨干梯队。
药学院拥有5000M2的教学、科研用房和8500M2的药学院科研楼；拥有600兆超导超屏蔽傅立叶变换核磁共振波谱仪（带超低温探头）、API 4000液相色谱/三级四极杆液相色谱质谱联用仪、气质联用仪等精密仪器。不仅为科研工作提供了一个先进的技术平台，而且为专业实验教学提供全方位服务。
近年来，药学院实施教学、科研与产品开发相结合的发展战略，进一步加强学科建设、人才建设，积极与企业联合攻关，加速科研成果的转化。教师主持或参加国家“973”项目、“863”项目、国家“十一五”支撑计划、国际合作重点项目、国家杰出青年基金，国家自然科学基金等多项科研课题，目前在研国家级重大课题近50项，仅2008年纵向到位经费即达1100余万元，与企业合作课题经费达1200余万元。近5年来，获得省部级以上科研奖励28项，新药证书16项，国家发明专利23项，SCI论文200余篇。
药学院在校企联合和成果转化方面已形成自己鲜明的特色，分别与鲁南制药股份有限公司、山东新华制药股份有限公司、山东齐都制药有限公司、山东博士伦福瑞达制药有限公司等企业签订了全面合作框架协议；与多家制药企业签订了新药研发实验基地共建协议。与山东瑞阳制药有限公司、鲁南制药股份有限公司联合兴建了面积8500 M2的山东大学药学院科研楼，并与多家医药集团联合建立科研机构。2007年，山东大学与国际著名企业拜耳医药保健有限公司举行了“拜耳中国医院发展基金—山东大学临床药学奖学金” 签约仪式。该项奖学金主要针对临床药学专业的优秀学生而设立。
经过短短几年的努力，今天的药学院，其综合实力已跻身于国内同类院校的先进行列，在中国药学领域享有较高的声誉。
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